ОбразованиеВ 1985 году поступил в Минский государственный институт иностранных языков. Со второго курса был призван в Вооружённые Силы. Служил в морской пехоте Северного флота. После прохождения службы поступил в Военный Краснознамённый институт Министерства обороны на факультет западных языков. Закончил его в 1992 году с красным дипломом по специальности военный переводчик-референт португальского и венгерского языков. Имеет звание полковника запаса.
В 2003 году с отличием окончил Российскую академию государственной службы при Президенте РФ по специальности «Государственное и муниципальное управление», специализация - финансы, налоги и кредит.
Кандидат юридических наук. В 2001 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Полицейская система Франции».
В 2010 году защитил диссертацию «Правовой порядок в сфере противодействия коррупции: теоретико-правовое исследование», доктор юридических наук.
Является автором более 30 публикаций по проблематике формирования в Российской Федерации антикоррупционного правового порядка.
Профессиональная деятельностьВ 1993 году им создана группа компаний «Дело», которую он возглавлял до 1999 года. Дважды избирался в Совет директоров Новороссийского морского торгового порта.
Депутат Государственной думы РФ III-V созывов (1999-2003, 2003-2007, 2007-2011).
19 декабря 1999 года был избран депутатом Государственной Думы РФ третьего созыва. Занимал должность председателя Комитета ГД по международным делам. Входил в состав постоянной делегации Федерального Собрания РФ в Парламентской ассамблее ОБСЕ, был руководителем бюро специального представителя Президента РФ по проблемам Калининградской области, связанным с расширением Европейского Союза.
В 2003 году избран депутатом Государственной Думы четвёртого созыва. Являлся заместителем председателя Комитета по энергетике, транспорту и связи.
В 2007 - 2011 гг. - депутат Государственной Думы Федерального Собрания РФ V созыва. Председатель Комитета Государственной Думы по транспорту. Курировал Новороссийск, Анапу, Геленджик, Сочи, Туапсинский район. Член Морской коллегии при Правительстве РФ, член Правительственной комиссии по транспорту и связи, член Правительственной комиссии по обеспечению безопасности дорожного движения.
С 2000 года - член Экспертно-консультативного совета при Председателе Счетной палаты РФ. На протяжении трёх лет занимал должность руководителя делегации Федерального Собрания Российской Федерации в Парламентской ассамблее Черноморского экономического сотрудничества (с 2008 года по 2011 год).
Автор более 50 законопроектов, среди которых Законопроект «Об обязательном техническом осмотре в Российской Федерации», «Правила дорожного движения в Российской Федерации», «Об аэропортах и деятельности в аэропортах Российской Федерации». Инициатор разработки законопроекта об интеллектуальных транспортных системах, законопроекта о трубопроводном транспорте. В течение нескольких лет последовательно выходил с предложениями по реформированию организации дорожного движения, создания федеральной службы по управлению дорожным движением.
В 2012 году Сергей Шишкарёв был избран членом Экспертного совета при Правительстве РФ.
С февраля 2013 года включен в состав Морской коллегии при Правительстве РФ.
26 сентября 2013 года назначен первым заместителем Председателя Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации и возглавил президиум Морской коллегии при Правительстве РФ.
С июля 2014 года возглавил созданный им холдинг, является Президентом Группы компаний «Дело».
С марта 2015 года является членом Государственной комиссии по вопросам развития Арктики, возглавляет Деловой совет Комиссии.
В апреле 2015 года был избран на пост Президента Федерации гандбола России (ФГР).