Титульный лист диссертации.
Родился в семье псаломщика Успенской церкви села Мордвы Чигиринского уезда Ивана Никифоровича Трегубова и его жены Мелании Каллениковны. В раннем детстве лишился отца.
Учился в Киево-Софийском духовном училище и Киевской духовной семинарии. Высшее образование получил в Киевской духовной академии, которую окончил со степенью кандидата богословия в 1881 году.
По окончании академии состоял смотрителем Киево-Подольского духовного училища (1881-1885). В 1885 году, по защите диссертации «Религиозный быт русских и состояние духовенства в XVIII веке по мемуарам иностранцев», был утвержден в степени магистра богословия. Затем был законоучителем коллегии Павла Галагана (1885-1905) и Первой Киевской гимназии (1885-1910). В 1886 году был рукоположен в священники домовой церкви при коллегии Павла Галагана и определен также законоучителем Фундуклеевской женской гимназии, каковую должность занимал в течение десяти лет.
В 1900 году был возведен в сан протоиерея и назначен помощником благочинного церквей 1-го округа города Киева. В 1904 году был определен депутатом от Киевского городского духовенства при Киевской городской думе, а в следующем году - назначен постоянным членом Киевского уездного отделения епархиального училищного совета и перемещен на вакансию священника в Киево-Софийский собор. С 1909 года был также заведующим библиотекой. Кроме того, был цензором «Киевских епархиальных ведомостей» и временно председателем совета 1-го Киевского женского духовного училища (1893-1894).
В 1900-1910 годах избирался председателем епархиальных съездов духовенства. В 1908 году, по постановлению XXIV епархиального съезда, Трегубову были поднесены икона и благодарственный адрес «за восьмилетнее бескорыстное, в высшей степени разумное и корректное руководительство делами епархиальных съездов в качестве председателя их».
Был действительным членом Киевского клуба русских националистов (с 1908) и Русского собрания. В апреле 1909 года стал товарищем председателя Киевского губернского избирательного комитета русских избирателей. В 1911 году вошел во временный комитет для созыва и организации съезда русских избирателей накануне выборов в IV Государственную думу, а в марте 1912 был избран в состав избирательного комитета русских избирателей.
11 августа 1910 года избран в члены Государственного совета от белого духовенства на место умершего М. И. Горчакова, в 1915 году - переизбран. Входил в правую группу. Состоял членом особой комиссии по законопроекту «О введении всеобщего начального обучения».
17 октября 1914 года постановлением Киевского дворянского депутатского собрания Симеон Иванович был признан вместе с семейством в потомственном дворянстве. Постановление это было утверждено в феврале 1915 года.
В 1919 году вместе с настоятелем М. Д. Златоверховниковым возглавил отказавшуюся украинизироваться часть прихода Софийского собора. В следующем году был переведен настоятелем Сретенской церкви, где прослужил до самой смерти. В 1920-1923 годах принимал деятельное участие в работе Союза пастырей Киева.
Умер в 1925 году. Похоронен на Лукьяновском кладбище.