Родился 3 апреля 1951 года в городе Балашиха Московской области. Русский. После школы в 1970 году окончил Московский радиоприборостроительный техникум.
В Военно-морском флоте с 1971 года. В 1976 году окончил Высшее военно-морское училище радиоэлектроники имени А. С. Попова. После окончания училища Козлов был направлен на Краснознамённый Тихоокеанский флот. Службу проходил на атомных подводных лодках командиром электронно-вычислительной группы радиотехнической службы подводной лодки К-247 (6.1976 - 1.1980), затем начальником радиотехнической службы подводной лодки К-360 (1.1980 - 10.1983).
В 1984 году Козлов окончил Высшие специальные офицерские классы ВМФ и был назначен старшим помощником командира 506-го экипажа большой подводной лодки.
Вскоре И. Н. Козлов сам стал командовать подводными лодками. Сначала К-212 (4.1987 - 2.1988), затем К-410 «Смоленск» (2.1988 - 4.1991) и, наконец, К-173 «Красноярск» (4.1991 - 11.1992). Входил в состав Государственной комиссии по приемке подводных лодок проекта 949А «Антей».
В 1992 заочно окончил Военно-морскую академию имени Н. Г. Кузнецова.
В 1992 году назначен заместителем командира дивизии подводных лодок, а в ноябре 1994 года - командиром 10-й дивизии подводных лодок Краснознамённого Тихоокеанского флота (бухта Рыбачья, Камчатская область).
В 1990-е годы дивизия пополнилась новейшими атомными подводными крейсерами. Перед командованием стояла задача качественной приёмки их от промышленности, освоения и своевременного вода в состав сил постоянной готовности. Имея хорошую профессиональную подготовку и опыт плавания, Козлов основные усилия направлял на повышение боеготовности соединения, разработку тактических приёмов использования кораблей, освоение новых видов вооружения, совершенствование ракетных стрельб.
И. Н. Козлов трижды участвовал в переводе новых атомоходов с Краснознамённого Северного на Краснознамённый Тихоокеанский флот.
С 18 августа по 13 сентября 1993 года Козлов в должности начальника походного штаба на атомной подводной лодке «Касатка» (руководитель похода контр-адмирал М. В. Моцак, командир подводной лодки - капитан 1-го ранга А. П. Ефанов) участвовал в первом своём трансарктическом переходе с Краснознамённого Северного флота на Краснознамённый Тихоокеанский флот.
В августе - сентябре 1994 года уже старшим на борту атомной подводной лодки К-186 «Омск» (командир - капитан 1-го ранга А. С. Астапов), Козлов совершил второй трансарктический межфлотский переход из губы Западная Лица в бухту Крашенинникова на Камчатке. За 15 суток подводная лодка прошла подо льдами около 4000 миль, из них 500 миль в опасных в навигационном отношении районах в условиях мелководья Чукотского моря.
30 июля 1995 года присвоено воинское звание «контр-адмирал».
Указом Президента Российской Федерации от 23 июля 1996 года «за мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания в условиях, сопряжённых с риском для жизни», контр-адмиралу Илье Николаевичу Козлову присвоено звание Героя Российской Федерации. Этим же указом был награждён командир К-186 «Омск» капитан 1-го ранга А. С. Астапов.
В 1998 году вместе с экипажем однотипного И. Н. Козлов убыл на Краснознамённый Северный флот для приёма и подготовки к переходу атомной подводной лодки К-150 «Томск». Он прошёл обучение в учебном центре, организовал приём корабля, подготовку личного состава к подлёдному плаванию и в августе-сентябре 1998 года возглавил переход атомохода Северным морским путём к месту постоянного базирования в бухту Крашенинникова. Впервые участие в подводном переходе принял священник Русской Православной Церкви епископ Камчатский и Петропавловский Игнатий (Пологрудов).
В 1999 году окончил Академию государственной службы при Президенте РФ. С июня 2000 года контр-адмирал И. Н. Козлов - в запасе.
Живёт в Москве. Долгое время работал в Министерстве чрезвычайных ситуаций Российской Федерации - начальник службы по проведению поисково-спасательных работ на акваториях. По состоянию на 2010 год, заместитель генерального конструктора и исполнительный директор концерна «Радиотехнические и информационные системы».