Джон Хендли Барнхарт родился 4 октября 1871 года.
На протяжении многих лет до своего назначения помощником редактора Нью-йоркского ботанического сада в 1903 году и вплоть до своей отставки в 1942 году Барнхарт усердно работал с досье ботаников в качестве библиографа.
Джон Хендли Барнхарт умер 11 ноября 1949 года.