Родился 7 августа 1949 года в пос. Удельная Раменского района Московской области в семье рабочего; младший брат (р.1952) - митрополит Тобольский и Тюменский Димитрий (Капалин).
По окончании средней школы поступил в Московский машиностроительный техникум.
В 1970 году поступил во 2-й класс Московской Духовной Семинарии.
С октября 1970 года по ноябрь 1972 года - срочная служба в Советской Армии; после чего продолжил обучение в семинарии.
В 1974 году окончил семинарию и поступил в Московскую духовную академию, которую окончил со степенью кандидата богословия; оставлен при ней помощником инспектора и преподавателем сектора заочного обучения.
С 1977 года принимал участие в работе Всемирной православной молодежной организации «Синдесмос» и экуменическом Совете молодёжи Европы (ЭСМЕ).
7 декабря 1978 года пострижен в монашество инспектором МДА архимандритом Александром (Тимофеевым) с наречением имени Климент в честь священномученика Климента, епископа Римского.
24 декабря 1978 года архиепископом Дмитровским Владимиром рукоположён во иеродиакона.
7 апреля 1979 года рукоположён во иеромонаха.
14 октября 1981 года возведён в сан игумена.
В 1981-1982 годы исполнял обязанности старшего помощника инспектора МДС.
Архиерейство16 июля 1982 года решением Священного Синода был избран епископом Серпуховским, викарием Московской епархии и назначен управляющим патриаршими приходами в Канаде и временно в США.
18 июля 1982 года Патриархом Пименом в Свято-Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры был возведён в сан архимандрита.
8 августа 1982 года в Свято-Духовском соборе города Минска хиротонисан во епископа Серпуховского, викария Московской епархии. Хиротонию совершили: митрополит Минский и Белорусский Филарет (Вахромеев), архиепископ Харьковский и Богодуховский Никодим (Руснак), епископ Тульский и Белёвский Герман (Тимофеев), епископ Пинский Афанасий (Кудюк).
23 марта 1987 года освобождён от управления патриаршими приходами в Канаде и назначен управляющим патриаршими приходами в США.
19 мая 1989 года удостоен сана архиепископа.
С 20 июля 1990 года - архиепископ Калужский и Боровский и первый заместитель Председателя Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата.
В 1993-1996 годах - член Общественной Палаты при Президенте Российской Федерации.
С 1996 года является ректором Калужской духовной семинарии и преподаёт в ней Православную аскетику.
В 1997-2000 годах представлял РПЦ в межправославной комиссии по подготовке общеправославного празднования 2000-летия Рождества Христова, возглавлял секретариат по подготовке и проведению.
26 декабря 2003 года назначен Управляющим делами Московской патриархии. По назначении на должность Управделами рассматривался церковными аналитиками как один из наиболее вероятных преемников Патриарха Алексия II.
25 февраля 2004 года возведён в сан митрополита.
С 2005 года - председатель Международных Образовательных Рождественских чтений и Председатель Комиссии по их подготовке и проведению.
В 2005-2010 годах - член Общественной Палаты Российской Федерации, в том числе с января 2006 года - Председатель Комиссии по сохранению духовного и культурного наследия Общественной Палаты Российской Федерации.
Возглавлял оргкомитет по подготовке и проведению Церковно-общественного форума «Духовно-нравственные основы демографического развития России» (октябрь 2004 года), Первого фестиваля православных СМИ «Вера и слово» (ноябрь 2004 года), празднования 625-летия Куликовской битвы (май - ноябрь 2005 года), празднования 90-летия восстановления Патриаршества в Русской Православной Церкви (октябрь - ноябрь 2007 года).
Председатель комиссии по проведению конкурса «За нравственный подвиг учителя» (2006-2009).
25 января 2009 года Архиерейским Собором РПЦ в Москве избран одним из трёх кандидатов на Московский патриарший престол.
27 января 2009 года на Поместном Соборе РПЦ в Москве набрал 169 голосов из 677, уступив, таким образом, в борьбе за Московский патриарший престол митрополиту Кириллу.
31 марта 2009 года решением Священного Синода был освобождён от должности управляющего делами Московского Патриархата и назначен председателем Издательского совета Московского Патриархата.
21 января 2010 года решением Диссертационного совета Российской академии государственной службы при Президенте Российской Федерации присуждена учёная степень кандидата исторических наук по результатам защиты диссертации на тему «Деятельность Русской православной церкви на Аляске в 1741-1867 гг.» (специальность «Отечественная история»).
29 января 2010 года избран председателем комиссии Межсоборного присутствия Русской православной церкви по вопросам организации церковной социальной деятельности и благотворительности.
22 марта 2011 года как глава Издательского совета вошёл в состав возрождённого Высшего Церковного Совета Русской Православной Церкви.
16 сентября 2014 года защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора исторических наук на тему «Русская Православная Церковь и освоение Тихоокеанского севера в XVIII-XIX вв. (по материалам Аляски)».