Родился в еврейской семье родом из Галиции. Юность провел в Лемберге (Львов).
Получил образование в университетах Вены, Берлина, Цюриха и Лейпцига. В 1911 году выступал с лекциями в Берлине, в экспрессионистском «Новом клубе». В 1924-1933 - профессор философии иудаизма и этики в университете Франкфурта-на-Майне. В 1933 эмигрировал из Германии в Швейцарию, а затем (1938) в Палестину, где до 1951 был профессором социологии Иерусалимского университета, в 1960-1962 - первым президентом Академии наук Израиля.
Центральная идея философии Бубера - фундаментальная ситуация сосуществования Я с другой личностью, существования, как «со-бытия» с другими людьми. Развивая идеи «Философии Диалога», восходящей к Марбургской школе неокантианства, Бубер много сделал для популяризации понятия «Диалог» и связанной с ним философской системы, так что на сегодня является гораздо более известным в мире диалогистом, чем его друг и коллега Франц Розенцвейг или Ойген Розеншток-Хюсси.
Основные идеи буберовского диалога изложены в книге «Я и Ты», написанной с пророческим пафосом, возможно, под влиянием Ницше. В работе Бубер противопоставляет отношение «Я - Ты» и «Я - Оно», где первое - любовный «диалог», живое межличностное отношение, а второе - повседневное утилитарное отношение, соответствующее аристотелевской логике. Бубер считал, что Я - Ты отношение возможно не только к человеку, но и, например, к дереву: в этом случае вместо биологических или физических характеристик дерева я буду иметь дело с его ценностной, духовной природой. В этом смысле Бубер сопоставлял Я-Ты отношение с полинезийским термином «мана», введённым в оборот Брониславом Малиновским, который описывал «ману» как дорелигиозное озарение при внезапном ощущении духовной силы, стоящей за тем или иным явлением. Два типа отношения, по концепции Бубера, порождают два противоположных образа мира; человек не может постоянно пребывать в состоянии Я - Ты отношения, но «тот, кто живёт лишь Оно - не человек».
В работе «Два образа веры» Бубер противопоставляет греческий рациональный подход к миру, сопряжённый с визуальным восприятием, - библейскому духу, связанному с восприятием звуковым. Первый, с его точки зрения, порождает веру как уверенность в той или иной информации, второй же - веру как доверие, живое отношение. Бубер пытается показать на примере Нового Завета, как в ранней истории христианства произошёл отход от библейской веры-доверия (эмуны) к греческой вере-знанию (пистис).
Будучи учеником Дильтея, Бубер со студенческих лет изучал мистические движения в разных религиях. Этот опыт «вживания» в чужой религиозный опыт оказал значительное влияние на его философское наследие. Так, Бубер посвятил много лет собиранию легенд, относящихся к еврейскому религиозному течению хасидизма, итогом чего стала книга «Хасидские предания», первый том которой был дважды переведён на русский язык. По мнению Бубера, в центре хасидизма оказывается совершенно новый литературный жанр - история, которая только и способна передать живое отношение между Я и Ты. Гершом Шолем, основатель академического исследования еврейской мистики, критиковал Бубера за игнорирование философского наследия хасидизма.