Поступив в 1825 году в Дерптский университет, сначала по медицинскому факультету, он перешёл потом на физико-математический и занялся специально ботаникою под руководством К. Х. Ледебура.
В 1829 году награждён был золотою медалью за рассуждение на заданную тему по предмету ботаники.
Удостоен в 1833 году Дерптским университетом степени кандидата, в 1835 году - Кёнигсбергским университетом степени доктора философии, в 1839 году Университетом Святого Владимира - степени доктора естественных наук.
В 1833 году Траутфеттер был назначен на должность помощника директора Дерптского университетского ботанического сада, в 1834 году, после публичной защиты диссертации, он был определён доцентом в Дерптском университете по предмету ботаники.
В 1835 году перешёл на должность младшего помощника директора Императорского Ботанического сада в Санкт-Петербурге (Ф. Б. Фишера).
В 1838 году - исправляющий должность ординарного профессора ботаники в Университете Святого Владимира в Киеве, а с 1839 года - ординарного профессора по той же кафедре.
Траутфеттер заведовал с 1838 по 1847 год ботаническим садом этого университета, находившимся тогда в городе Кременце Волынской губернии, - трудился с 1841 года над основанием и обзаведением нового университетского ботанического сада в самом Киеве, которым он управлял по 1852 год, и имел в своем ведении гербарий университета с 1838 по 1852 год, кабинеты агрономический и механической школы с 1839 по 1843 год и минералогический кабинет с 1842 по 1846 год.
Он состоял деканом физико-математического факультета в 1841 году и с 1843 по 1847 год и вице-председателем комиссии, Высочайше учреждённой для описания губерний Киевского учебного округа с 1851 по 1859 год. Притом, Траутфеттер читал в университете с 1842 по 1845 год также лекции по минералогии и геологии. В 1847 году, по избранию совета, Траутфеттер назначен ректором на 4 года, но, ещё до истечения сего срока, по случаю введения нового порядка назначения ректоров, Высочайше определён в 1850 году ректором Университета Святого Владимира с увольнением от должности профессора.
При выходе в отставку в 1859 году удостоен звания почётного члена Университета Святого Владимира.
В 1860 году Траутфеттер занял место директора Горы-Горецкого земледельческого института.
Вскоре после поступления Императорского Санкт-Петербургского ботанического сада в ведение министерства государственных имуществ управление им было временно поручено Траутфеттеру, утверждённому в 1864 году в звании заведующего садом, а в 1866 году, согласно положению нового штата ботанического сада, директором; последнюю должность Траутфеттер занимал до 1875 года, когда в связи с расстроенным здоровьем по личному прошению был уволен в отставку в чине тайного советника; место его занял главный ботаник сада Э. Л. Регель.
Обширный гербарий Траутфеттера хранится в Императорском ботаническом саду, а частью («Herbarium universale» - 3377 видов в 30 папках) в Санкт-Петербургской лесотехнической академии.
Императорская Академия наук, избрав Траутфеттера в свои члены-корреспонденты ещё в 1837 году, присудила ему в 1885 году почётную Золотую медаль Бэра за его исследования по русской флоре, а Императорский ботанический сад принял его в 1875 году в число своих почётных членов.
Награждён орденами св.св. Станислава и Анны 1 степеней, св. Владимира 3 степени.
Число его работ (1830-1888) простирается до 80. Все они касаются почти исключительно флоры России, всех её областей. Частью это - монографии отдельных групп растений русской флоры, например, ив, колокольчиковых и других, частью - обработка коллекций Миддендорфа, Шренка, Радде, Беккера, Чекановского и других.
Большинство работ Траутфеттера напечатано в «Мемуарах» и «Бюллетенях» Императорской Академии наук, в «Бюллетенях» Императорского Московского общества испытателей природы и в «Трудах» Императорского ботанического сада.
- Grundriß einer Geschichte der Botanik in Bezug auf Rußland, 1837
- Plantarum imagines et descriptiones floram rossicam illustrantes, 1844-1847 - восемь выпусков с 40 таблицами рисунков растений русской флоры
- Reise in den äußersten Norden und Osten Sibiriens während der Jahres 1843 und 1844, Вторая часть первого тома, 1847 - совместно с Карлом Мейером
- Императорский С.-Петербургский Ботанический Сад в 1870 году // Тр. Имп. С.-Петерб. бот. сада. - 1871-1872. - Т. I, вып. I. - С. 7-12.
- Observationes in plantas a Dre. G. Radde Anno 1870 in Turcomania et Transcaucasia lectas, nec non in alias quasdam (лат.) // Тр. Имп. С.-Петерб. бот. сада. - 1871-1872. - Т. I, вып. I. - С. 15-34.
- Conspectus Florae Insularum Nowaja-Semlja (лат.) // Тр. Имп. С.-Петерб. бот. сада. - 1871-1872. - Т. I, вып. I. - С. 45-88.
- Catalogus plantarum anno 1870 ab Alexio Lomonossowio in Mongolia orientali lectorum (лат.) // Тр. Имп. С.-Петерб. бот. сада. - 1872. - Т. I, вып. II. - С. 167-195.
- Императорский С.-Петербургский Ботанический Сад в 1871 году // Тр. Имп. С.-Петерб. бот. сада. - 1872. - Т. I, вып. II. - С. 258-265.
- Plantae a capit. Maloma annis 1870 et 1871 in Turcomania collectae (лат.) // Тр. Имп. С.-Петерб. бот. сада. - 1872. - Т. I, вып. II. - С. 269-282.
- Florae Rossicae fontes // Тр. Имп. С.-Петерб. бот. сада. - 1880. - Т. VII - подробный библиографический указатель всех статей, касающихся флоры России
- Incrementa florae phaenogamae Rossicae // Тр. Имп. С.-Петерб. бот. сада. - 1883-1884. - Т. VIII и IX, - указатель растений, найденных в России после выхода «Flora Rossica» Ледебура.