Карьеру футболиста Марк Циглер начал в юношеских командах Вебенхайма и Саарбрюккена, откуда в 1993 году был приглашён в молодёжную команду «Штутгарта».
В 1995 году футболист стал основным вратарём клуба, но за следуюшие 3 года провёл за «Штутгарт» всего 6 матчей. В 2000 перешёл в турецкий «Бурсаспор».
С 2001 года по 2007 год играет в австрийских клубах «Тироль» и «Аустрия (Вена)», немецких командах «Ганновер 96», «Саарбрюккен» и «Арминия».
В 2007 подписал трёхлетний контракт с дортмундской Боруссией. В 2010 вернулся в Штутгарт, заключив договор на тот же срок.