Родилась в Ленинграде в семье капитана дальнего плавания (впоследствии проректора Морской академии имени адмирала Макарова и представителя Морфлота в Никарагуа). Окончила филологический факультет ЛГУ. После окончания университета работала переводчицей в Регистре СССР, но затем под влиянием идей эстетического нонконформизма уничтожила свой университетский диплом и несколько лет перебивалась случайными заработками, подрабатывая уборщицей и санитаркой. После восстановления диплома некоторое время работала научным сотрудником в музее «Исаакиевский собор». В 1980-е годы была связана с культурой ленинградского андеграунда, в начале 90-х жила в Париже. В 1994-м году основала российское Общество Друзей Луи-Фердинанда Селина и одноимённое издательство при нём. В 1999-м и 2000-м годах совместно с Тимуром Новиковым проводит фестивали петербургского декаданса «Тёмные ночи». В июне 1999-го, в канун двухсотлетнего юбилея А. С. Пушкина, вместе с Дмитрием Волчеком, Ярославом Могутиным и Вячеславом Кондратовичем издала снискавший скандальную известность журнал «Дантес». В 2005 году снимает фильм «Убийство Жоашена или то, что не снял Фассбиндер» (по мотивам сцены из переведённого ею романа Жана Жене «Кэрель»). Организовала и провела несколько международных коллоквиумов, посвящённых творчеству Луи-Фердинанда Селина и Жана Жене. Постоянный автор «Митиного журнала», сотрудничает с радио «Свобода». Публиковалась в «Коммерсанте», «Независимой газете», «Русском журнале», «Квире», «Art-press» (Париж).
В автобиографической трилогии («Голубая кровь», «Домик в Буа-Коломб», «Белокурые бестии») дана широкая панорама переломных для России 80-х-90-х годов. Для романов Маруси Климовой характерны предельная отстранённость авторского взгляда, индифферентность к добру и злу, внимание к абсурдным и комическим деталям, размытость границ между здравым смыслом и безумием. Созданные писательницей образы новоявленных русских денди и трансвеститов, с лёгкостью меняющих свои маски и наряды, как нельзя лучше соответствуют атмосфере вселенского карнавала тех лет, ознаменовавшихся стремительной сменой социальных идентификаций.
Сборник «Морские рассказы» - собрание трагикомических историй из жизни моряков дальнего плавания, изложенных от мужского лица в нарочито грубой и циничной манере.
«Моя история русской литературы» представляет собой нечто среднее между собранием эссе и романом идей. Судьбы и произведения русских писателей преподносятся как факты личной биографии автора. Книга изобилует парадоксальными и утрированно субъективными суждениями и оценками.
В своих книгах и интервью Маруся Климова обычно позиционирует себя как декадентку, маргиналку и ницшеанку. По мнению журнала «Новый мир», «актуальных для Маруси Климовой писателей объединяет мизантропия, маргинальность, сексуальные перверсии, презрение к норме, к „буржуазной“ морали (которая всегда третируется как обывательская). Направление политического спектра особого значения не имеет - лишь бы это был самый его край».
Перевела с французского произведения Л.-Ф. Селина («Смерть в кредит», «Из замка в замок», «Север», «Ригодон», «Интервью с профессором Y», «Громы и молнии: пьесы, либретто, сценарии»), Жана Жене («Кэрель»), Пьера Гийота («Проституция», «Эдем, Эдем, Эдем», «Кома», «Книга»), Жоржа Батая («История глаза»), Моник Виттиг («Лесбийское тело»), Пьера Луиса («Дамский остров»), Луи Арагона («Лоно Ирены»), Франсуа Жибо («Собакам и китайцам вход воспрещён», «Не всё так безоблачно»), Пьера Буржада, Мишеля Фуко и др.. Также является автором русских переводов книги Д. фон Гильдебрандта «Святость и активность» (с немецкого) и «Символического пейзажа» Кеннета Кларка (с английского).
Член Союза писателей, Союза журналистов, Международной федерации журналистов, а также Союза кинематографистов. Произведения опубликованы на французском, немецком, сербском и итальянском языках.
В 2006 году Маруся Климова была удостоена французского Ордена литературы и искусства.
В 2007 году по результатам интернет-голосования, проведённого журналом «Собака.ру», признана самым знаменитым человеком Санкт-Петербурга в сфере искусства.