В 1972 году окончил среднюю школу и в 1970-е годы работал сторожем-дворником в Богоявленском патриаршем кафедральном соборе в Елохове города Москвы.
Учился в Ленинградской духовной семинарии, а с 1981 по 1982 годы проходил стажировку в Экуменическом институте Боссэ в Швейцарии.
В 1982 году был рукоположен в сан диакона.
В 1983 году окончил Ленинградскую духовную академию, защитив диссертацию на степень кандидата богословия.
8 июня 1983 года архиепископом Выборгским Кириллом (Гундяевым) был рукоположён в сан священника.
С 1983 по май 1990 года - референт Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата. Служил в Новодевичьем монастыре города Москвы.
26 декабря 1987 года митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием пострижен в монашество с наречением имени в честь преподобного Нестора Летописца.
В 1988 году Нестор возведён в сан игумена.
С 1991 по август 1993 года - настоятель Свято-Духова прихода города Нестерова Калининградской области.
26 августа 1993 года назначен представителем Русской Православной Церкви при Всемирном Совете Церквей в Женеве (Швейцария) и настоятелем ставропигиального прихода Рождества Пресвятой Богородицы в Женеве.
23 июня 1993 году, являясь представителем РПЦ и сотрудником ОВЦС, на состоявшейся в Баламандском монастыре (Ливан) VII пленарном заседании Смешанной международной комиссией по богословскому диалогу между Римско-Католической Церковью и Православной Церквями поставил подпись под Баламандским соглашением; но по мнению митрополита Минского Филарета, которое он высказал в 2006 году, Нестор завизировал Баламандское соглашение.
В 1994 году игумен Нестор возведён в сан архимандрита.
9 апреля 1998 года в связи с истечением срока командировки освобождён от обязанностей представителя РПЦ при ВСЦ в Женеве и настоятеля ставропигиального прихода Рождества Богородицы.
С 1998 года - настоятель Александро-Невской церкви города Звенигорода Московской области.
С 9 ноября 1999 года - настоятель церкви в честь Гребневской иконы Пресвятой Богородицы города Одинцово Московской области и благочинный Одинцовского округа Московской епархии.
С 2002 года по 13 октября 2004 года служил по совместительству настоятелем храма святого благоверного князя Вячеслава Чешского посёлка Новь Одинцовского района Московской области
8 февраля 2005 года настоятелем указом Собора Святого Великомученика Георгия Победоносца в городе Одинцово
15 сентября 2005 года назначен по совместительству настоятелем домового Елисаветинского храма, приписного к Гребневскому храму, при социально-культурном центре Гребневского храма города Одинцово Московской области.
9 августа 2007 года назначен по совместительству настоятелем Троицкой церкви посёлка Назарьево и Георгиевской церкви посёлка Горки-10 Одинцовского района Московской области.
Был по совместительству настоятелем строящийся церкви Новомучеников и исповедников Российских посёлка Заречье Одинцовского района Московской области, 15 августа 2007 года был освобождён от настоятельства в этой церкви.
11 сентября 2007 года освобожден от должности настоятеля в Троицкой церкви поселка Назарьево.
18 февраля 2008 года освобожден от должности настоятеля в Георгиевской церкви поселка Горки-10.
31 августа 2010 года также назначен настоятелем будущего Екатерининского храма города Одинцово Московской области, через некоторое время обязанности настоятеля были возложены на его помощника, священника Григория Федотова.
29 ноября 2010 года освобождён от обязанностей настоятеля Гребневского храма города Одинцово и назначен настоятелем Спасского храма села Усово Одинцовского района Московской области с оставлением в прежней должности
В настоящее время архимандрит Нестор - благочинный, настоятель Собора Святого Великомученика Георгия Победоносца в городе Одинцово, настоятель Спасского храма села Усово Одинцовского района, настоятель Екатерининский храм города Одинцово.
Архимандрит Нестор подвергается самой жёсткой критике за исповедование Теории ветвей (за подписания Баламандского соглашения) и за свои обновленческие и реформаторские взгляды (Нестор выступает за замену церковно-славянского языка в богослужении РПЦ на на русский). Так в 2012 году Осипов В. Н., глава Союза «Христианское Возрождение» опубликовал статью под названием «Баламандский реформатор» на информационном портале «Правый взгляд», в которой осудил позицию Желяева за его «богословие сестёр-Церквей», между Православием и Католицизмом; а также осудил реформаторскую деятельность Желяева по уничтожению церковно-славянского языка и вытеснение его русским в богослужении.
В 2014 году целый ряд общественных деятелей: Василий Бойко-Великий, президент Русского культурно-просветительного фонда имени святого Василия Великого; Игорь Фроянов, профессор Санкт-Петербуржского университета; Леонид Болотин, православный историк; Борис Галенин, военный историк; Павел Петин, историк; Олег Платонов, директор Института русской цивилизации обратились к Патриарху Кириллу:
| Ваше Святейшество, Святейший Владыка! Настоятельно просим Вас убрать из пределов Москвы и Московской епархии одиозную фигуру архимандрита Нестора Жиляева, который приготовил за Вашей спиной обновленческую реформу Богослужения и неоднократно заявлял о ее проведении в этом году, что грозит потерей Милости Божией и церковной смутой. |