Хосе Мануэль Бальмаседа родился 19 июля 1838 года в очень богатой семье, владевшей целым рядом промышленных и сельскохозяйственных предприятий. В 1849 году поступил в школу францисканских монахов, затем изучал богословие в университете Сантьяго, а позже присоединился к семейному бизнесу.
В 1865 году он был одним из представителей чилийского правительства на всеобщем южноамериканском конгрессе в Лиме и после возвращения получил довольно большую известность в качестве оратора в парламенте. После выполнения некоторых дипломатических миссий за рубежом он последовательно занимал посты министра иностранных дел и внутренних дел в правительстве Санта Марии и в последней должности способствовал законодательному закреплению обязательного заключения гражданского брака и некоторых других законов, весьма неприятных для духовенства. В 1886 году он был избран президентом, но, несмотря на большой личностный потенциал, его властный характер, как считалось, делал его мало подходящим на этот пост.
Вскоре он вступил в непримиримый конфликт с большинством депутатов парламента, а 1 января 1891 года поставил страну в критическое положение, отказавшись созвать собрание и объявив непрерывный сбор налогов для укрепления своей собственной власти. Это привело к началу Чилийской гражданской войны 1891 года, которая закончилась свержением Бальмаседы, покончившего жизнь самоубийством 18 сентября, в годовщину своего восхождения на президентский пост.