Шаафгаузен изучал медицину в Берлине и Бонне. Предметами его изучения были физиология и антропология.
В 1857 Шаафгаузен вместе с анатомом Францем Йозефом Майером изучал кости впервые обнаруженного неандертальца и сообщил об этом впервые 4 февраля 1857 года в Бонне на собрании нижнерейнского общества естествознания и медицины. Там он показал гипсовый слепок черепной коробки, который был найден Иоганом Карлом Фульротом (1804-1877) в ущелье Неандерталь недалеко от Меттмана.
Вирхов, Рудольф оспаривал тот факт, что находка представляла собой ископаемого человека, полагая, что особая форма кости вызвана рахитом. Благодаря Герману Шаафгаузену скелет не был продан в Англию, а является сегодня собственностью Рейнского земельного музея.
В 1889 году Шаафгаузен был избран почётным членом Берлинского общества антропологии, этнологии и истории первобытного общества.