Родился 7 (19 января) 1891 года в селе Александровка (ныне Днепропетровская область, Украина). Вскоре вся семья переезжает в Полтаву. Обучался в Полтавской мужской гимназии (основанной в 1808 году, где получили первоначальное образование известный писатель Николай Васильевич Гоголь и знаменитый математик Михаил Васильевич Остроградский. Первым директором гимназии, по выбору дворянства, был статский советник Василий Васильевич Капнист.
После окончания гимназии продолжил образование в известной на то время достижениями в области садоводства Корочанской школе садоводства Курской губернии, ныне Белгородская область.
С 1910 года он работал в Киеве и Ростове-на-Дону в частных садоводческих хозяйствах помощником садовода, где хорошо усвоил практику садоводства.
В 1914 году его пригласили заведовать в Ростове-на-Дону плодово-декоративным питомником. Иван Порфирьевич с радостью согласился. Наконец-то он смог ставить опыты, о которых столько мечтал.
В 1916 году Ковтуненко Иван Порфирьевич был призван на военную службу и направлен на железную дорогу в Прохладный, Кабардино-Балкарии, который тогда ещё не имел статуса города и был просто поселком. Так Иван Порфирьевич оказался оторван от своих деревьев и своих опытов, но не надолго. Узнав о его специальности, руководство решило использовать его знания на благо железной дороги. В 1918 году Ивана Порфирьевича назначают заведующим плодово-декоративного питомника при железнодорожной станции Нальчик.
Здесь он проявил большую активность по комплектованию питомника разнообразным ассортиментом плодовых культур, различных сортов роз и других растений.
В 1930-1932 годах И. П. Ковтуненко работал в Кабардино-Балкарском курортном управлении.
С 1933 года и до конца своих дней Иван Порфирьевич работал в оранжерейно-цветочном хозяйстве Кабардино-Балкарского областного комитета КПСС, переданном в 1950 году в ведение треста «Госзеленхоз» Министерства коммунального хозяйства РСФСР (ныне Муниципальное унитарное опытно-показательное сельскохозяйственное предприятие «Декоративные культуры» Нальчика)
Выращенные Иваном Порфирьевичем Ковтуненко голубые ели, розы, плодовые и ягодные культуры украшали не только сады и парки Кабардино-Балкарии, но и направлялись в Москву, Ростов-на-Дону, Куйбышев, Пятигорск и другие города страны.
Сегодня голубые ели из Нальчика - у Кремлёвской стены на Красной площади в городе Москве, на Мамаевом кургане, у стен Брестской крепости.
Умер Иван Порфирьевич Ковтуненко в 1984 году.
Особую славу Ивану Порфирьевичу Ковтуненко принесла селекция американской голубой ели.
На нашей земле в условиях низких температур голубая ель приживается плохо, семян почти не дает. Не совсем подходят ей климатические условия. Более 15 лет работал над этой проблемой ученый-селекционер Ковтуненко, Иван Порфирьевич и нашел: свежие еловые и сосновые шишки в которых быстро развивается грибок, оказались отличной питательной средой почвы для выращивания сеянцев голубой ели.
И. П. Ковтуненко вывел новые сорта пернецианской розы «Кабардинка», сирени «Бирюзовая красавица» и «Горный закат», морозостойкий сорт шиповника.
Роза « Кабардинка » (Пернецианские розы - Rosa pernettiana horticultural)
Пернецианские розы - Rosa pernettiana horticultural выведены в результате скрещивания ремонтантной розы Антуан Дюше с крупными блестящерозовыми цветками с жёлтой капуциновой розой Першен Иеллоу и повторного скрещивания полученного гибрида Солейль д’Ор с чайно-гибридными розами. Розы этой группы имеют цветки желтых, оранжевых, золотистых, шоколадных, шарлаховых тонов. Они культивируются так же широко, как и чайно-гибридные; более того, получение множества новых помесей с чайно-гибридными розами привело к тому, что эти две группы почти слились а потому трудно определить принадлежность многих сортов к той или другой группе. На юге они хорошо зимуют.
За выращивание особо ценных культур плодовых, декоративных, цветочных и вечнозеленых растений руководимое им хозяйство было участником ВСХВ, затем ВДНХ в Москве и неоднократно награждалось дипломами, грамотами и медалями.