Шарль Гайярдо родился 20 сентября 1814 года в городе Люневиль на востоке Франции в семье военного врача и геолога Шарля-Антуана Гайярдо (1774-1832).
С 1837 года Гайядро был профессором естественной истории в Каирской медицинской школе. Работал личным врачом Сулеймана-паши. Создал одну из первых карт массива Джебель-Друз. С 1854 года состоял членом Французского ботанического общества.
На протяжении двадцати лет руководил военным госпиталем в Саиде. В 1860 году оказывал помощь христианам во время массовых убийств в июле 1860 года в Сирии. Также в 1860 году путешествовал по Ливану. В 1861 году стал кавалером Ордена Почётного легиона.
В 1863 году Ш. Гайярдо был назначен главным врачом в Александрии. В 1864 году совершил поездку по Палестине. С 1875 года Шарль руководил Медицинской школой Каира.
Скончался Жозеф Арно Шарль Гайярдо 17 августа 1883 года в городе Бхамдун близ Бейрута.
Гербарий Шарля Гайярдо хранится в составе гербария Хаусскнехта в Венском университете.