Ранние годыРодился на Киевщине в семье сельского псаломщика. Помимо Бориса в семье было ещё пять детей.
- Дед по отцу - Юлиан Крупницкий, протодиакон Медведевской сельской церкви.
- Отец - сщмч. Дмитрий Крупницкий (1867-1938), один из прославленных 103 святых новомучеников Черкасских. В 1895-1931 гг. - диакон Свято-Николаевской церкви в Черкассах. Арестован 8 января 1938 г. и в ночь на 15 января расстрелян в черкасской тюрьме.
- Мать - Ольга Степановна Скачкова.
В 1913 г. окончил Черкасскую гимназию и поступил на историко-филологический факультет Киевского университета. На втором курсе присоединился к историко-этнографическому кружку, в который в основном входили представители профессорско-преподавательского состава, выпускники и старшекурсники.
В 1916 г. был призван в армию. Участник Первой мировой войны, был ранен.
В 1918 г. вернулся в университет, однако уже весной 1919 года добровольцем пошёл в армию УНР, служил во 2-й Волынской дивизии. Во время боёв был тяжело ранен (один из осколков так и остался в теле и был причиной постоянных болей). После отступления армии в 1920 г. в Польшу был интернирован в Калише, затем переехал в Германию.
Сперва работал сельскохозяйственным рабочим в Химмельпфортене. Женившись на немке, в 1925 г. переехал в Берлин, где устроился фабричным рабочим, одновременно изучая немецкий язык в Институте для иностранцев при Берлинском университете. Впоследствии изучил и шведский язык.
В 1926 г. начал изучать в Берлинском университете историю (три курса Киевского университета были ему засчитаны), учился у профессора Отто Гётцша. Одновременно, как ветеран боевых действий УНР, получил стипендию в Украинском научном институте, где становится учеником Дмитрия Дорошенко и Ивана Мирчука.
Титульный лист первой диссертации Б. Крупницкого (из фондов РГБ)
В 1929 г. защищает в Берлине посвящённую отцу диссертацию на тему "Иоганн Христиан фон Энгель и его История Украины", в 1932 г. в Украинском свободном университете - докторскую диссертацию "Мазепа в свете немецкой литературы его времени".
Собирая материалы, историк много работал в архивах Берлина, Дрездена и Стокгольма.
Профессиональная деятельность- С 1929 г. ассистент по кафедре истории Украины, с 1933 г. - научный сотрудник, член профессорской коллегии Украинского научного института (Берлин-Лейпциг);
- С 1932 г. приват-доцент Украинского свободного университета (Прага);
- С 1938 г. заграничный сотрудник Украинского научного института в Варшаве.
Экстраординарный (1941), затем ординарный (1945) профессор Украинского научного института.
Действительный член (1938) и глава Исторической комиссии (с 1948) львовского НТШ имени Тараса Шевченко. Член Украинского историко-филологического общества в Праге, Украинской свободной академии наук в Аугсбурге (1948), Académie Internationale Libre des Sciences et des Lettres в Париже (1953).
После окончания Второй мировой войны вместе с женой через Веймар и Аугсбург вернулся в Химмельпфортен.
С 1946 г. - профессор Православной Богословско-педагогической академии УАПЦ, сотрудник Научно-исследовательского института украинской мартирологии в Мюнхене, сотрудник Церковно-археографической комиссии при Апостольском визитаторе для украинцев Западной Европы. Одновременно был редактором исторического отдела Энциклопедии украиноведения.
С 1954 г. - стипендиат мюнхенского Института по изучению истории и культуры СССР.
Последние годы жизни тяжело болел.