Окончил в Москве Институт восточных языков, кандидат экономических наук. Работал переводчиком, преподавал политэкономию, арабский язык и иврит в МГПИИЯ, был лектором общества «Знание», преподавал также в ВПШ при ЦК КПСС. В феврале 1963 года, по утверждению писателя Семёна Резника, Емельянов, будучи аспирантом, переписал чужую диссертацию и был судим за плагиат и клевету.
В 1977 году направил в ЦК КПСС докладную записку в которой утверждал, что все советские евреи - сионистские агенты. В связи с этим он требовал введения в школах, вузах и армии обязательного курса «научного антисионизма и антимасонства», создания научного института изучения сионизма и масонства при ЦК КПСС и т. п.
Емельянов написал книгу «Десионизация», опубликованную на арабском языке в Сирии. Основная мысль этого объёмного и эклектического сочинения: «истинная» история человечества представляет собой скрытую от глаз обывателя борьбу язычников и дегенеративных евреев-сионистов. Также в ней бегло пересказывается содержание «Велесовой книги» и основ неоязычества. Книга излагает версию «жидомасонского заговора». По мнению Емельянова, заговор сионистов и масонов был создан царём Соломоном, чтобы к 2000 году захватить власть над всем миром. Там же было написано, что в Храме Соломона поклонялись дьяволу и приносили человеческие жертвы. Книгу перевели и издали в Израиле и нескольких европейских странах в качестве образца современного советского антисемитизма.
Распространение идей, описанных Емельяновым в книге «Десионизация», им же на лекциях в обществе «Знание» в начале 1970-х годов вызвало международный протест, заявленный сенатором Джейкобом Джавицем советскому послу в США в 1973 году.
По итогам разбирательства в Комиссии партийного контроля Емельянов был исключен из КПСС и отстранен от работы. Формальным основанием стало нарушение партийной дисциплины - издание книги за границей. Краткая еврейская энциклопедия связывает исключение с тем, что Емельянов назвал сионистом Генерального секретаря ЦК КПСС Леонида Брежнева.
Экспертом по книге выступил Евгений Евсеев. Несмотря на то, что он был одним из интеллектуальных лидеров русских националистов, он расценил книгу как антисоветскую и антисемитскую.
Семён Резник полагает, что Емельянов был автором антисемитской статьи в журнале «Москва», опубликованной в 1979 году под псевдонимом И. Бестужев. В этой статье, в частности, утверждалось, что иудаизм проповедует ненависть к неевреям и учит убивать лучших из них.
10 апреля 1980 года Емельянов был арестован по обвинению в убийстве и расчленении топором собственной жены, судим, признан невменяемым с диагнозом «шизофрения» и помещен в Ленинградскую психиатрическую больницу на 6 лет. Свидетелем по этому делу проходил Александр Дугин. Выпущен на свободу в 1986 году.
В 1986 году примкнул к обществу «Память» Дмитрия Васильева. С Васильевым Емельянов разошёлся по идеологическим мотивам: Васильев полагал, что сионисты разрушали христианство в России, а Емельянов считал, что христианство было навязано России сионистами.
После расхождения с Васильевым возглавил собственное общество с тем же названием. Составил Устав Всемирного Антисионистского Антимасонского Фронта (ВАСАМФ). В 1989 году участники емельяновской «Памяти» и Клуба славяно-горицкой борьбы А. Белова создали Московскую языческую общину. В 1991 году стал одним из учредителей «Славянского Собора».
В своих статьях и воззваниях призывал к физической ликвидации всех евреев на территории бывшего СССР. Обвинял в русофобии и сионизме многих известных общественных деятелей, в том числе диссидентов Александра Солженицына, Андрея Сахарова и Роя Медведева.
На основании решения Мещанского районного суда г. Москвы от 03.12.2008 книга «Десионизация» внесена в Федеральный список экстремистских материалов под номером 970.