Евгений Прошкин родился в Москве. Учился в Московской Геологоразведочной академии, но ушёл оттуда за год до окончания и поступил в Литературный институт имени А. М. Горького, который также покинул после третьего курса. Служил в Советской Армии в частях береговой охраны на Курильских островах. После армии Евгений Прошкин успел сменить целый ряд профессий - работал в страховой компании, на студии кабельного телевидения, в банке, на колбасном заводе.
В литературе Евгений Прошкин дебютировал в 1991 году - его рассказ «Запасной вариант» был опубликован в журнале «Четвёртое измерение». Первая книга увидела свет только в 2000 году (роман «Война мёртвых»). Затем последовали произведения, закрепившие успех молодого писателя - «Слой» (2001), «Механика вечности» (2001), «Зима 0001» (2002), «Слой Ноль» (2003), «Магистраль» (2003). В соавторстве с Вячеславом Шалыгиным выпустил в 2002 году фантастико-юмористический роман «Наши фиолетовые братья». За роман «Истребитель "Родина"» (2005) Евгению Прошкину вручена премия «Лунная Радуга».