Василий Фунтиков родился в Москве. С детства занимался музыкой - играл на скрипке и аккордеоне.
В 1974 году, по его словам, пробовался на главную роль в фильме «Автомобиль, скрипка и собака Клякса», однако в итоге снялся лишь в одном из эпизодов.
Популярность снискал исполнением роли Кроша (Сергея Крашенинникова) в фильмах по произведениям Анатолия Рыбакова: «Каникулы Кроша» (по мотивам одноимённой повести, переработанной Рыбаковым в киносценарий), «Неизвестный солдат» (также на основе одноимённой повести и сценария Рыбакова) и «Воскресенье, половина седьмого» (по оригинальному сценарию Анатолия Рыбакова).
В 1984 году окончил ВТУ им. Б. В. Щукина (мастерская А. Бурова).
Во время службы в Советской армии в 1984-1986 годах был актёром Театра Советской Армии.
С 1989 года работал в Московском драматическом театре им. А. С. Пушкина. Принимал участие в записи аудиодисков по спектаклям театра.
С 2000 года - член Союза кинематографистов.