Марк Исаакович Прудкин родился 1 (13) сентября 1898 года (по другим источникам - 2 (14) сентября 1898 года) в городе Клин (ныне - Московская область) в семье портного Исаака Львовича Прудкина (1871-1949) и Рахили Лазаревны Прудкиной (1880-1945).
Могила Прудкина на Новодевичьем кладбище Москвы.
Увлёкся театром, ещё учась в клинском реальном училище, участвовал в любительских спектаклях. С 1918 по 1924 год - студент и актёр во 2-й Студии МХТ (параллельно с 1918 по 1919 год учился на юридическом факультете Московского университета).
С 1924 года Марк Прудкин работал во МХАТе (с 1989 года - во МХАТ им. Чехова).
В студии ему особенно удавались роли героико-романтического плана - Карла Моора («Разбойники» Ф. Шиллера, 1923), Дона Луиса в «Даме-невидимке» Кальдерона(1924), Чацкого в «Горе от ума» А. С. Грибоедова (1925). Со временем творческий диапазон Прудкина расширялся, чему способствовали его талант перевоплощения, способность вникать в психологическую сущность создаваемого образа, внимание к внешним атрибутам – костюму, гриму, мимике. Всё это позволяло актёру показывать на сцене самых различных, порой противоположных по характеру персонажей, таких, как легкомысленный адъютант Шервинский («Дни Турбиных» М. А. Булгакова, 1926), мрачный капитан Незеласов («Бронепоезд 14-69» Вс. В. Иванова, 1927), самоуверенный и трусливый Кастальский («Страх» А. Н. Афиногенова, 1932), Вронский (1937) и Каренин (1957) в «Анне Карениной» по Л. Н. Толстому, Дульчин («Последняя жертва» А. Н. Островского, 1946), честолюбивый карьерист инженер Мехти-Ага («Глубокая разведка» А. А. Крона), Фёдор Павлович Карамазов («Братья Карамазовы» по Ф. М. Достоевскому, 1961), Бейкер («Зима тревоги нашей» по роману Дж. Стейнбека, 1964).
Вместе с О. Н. Андровской и другими «великими стариками» МХАТа - А. Н. Грибовым, В. Я. Станицыным и М. М. Яншиным играл в специально поставленном для них знаменитом спектакле «Соло для часов с боем» по пьесе О. Заградника (1973). В 1983 году сыграл Понтия Пилата в спектакле «Бал при свечах» по роману М. А. Булгакова «Мастер и Маргарита», поставленном его сыном - молодым режиссёром Владимиром Прудкиным.
В 1969 году на экраны вышел фильм И. А. Пырьева «Братья Карамазовы» с Марком Прудкиным в роли Фёдора Карамазова - той самой, что он сыграл на сцене. Не считая крошечного эпизода в немом фильме Якова Протазанова «Человек из ресторана», это была его первая роль в кинематографе на 71 году жизни. Небольшие, но запоминающиеся роли он сыграл в фильмах «Двенадцать стульев», «Блондинка за углом», в телефильме «Дядюшкин сон» по Ф. М. Достоевскому и других.
В 1943 году Марк Прудкин входил в один из руководящих органов МХАТа - в художественно-режиссёрскую коллегию, которая состояла из пяти человек
В 1987 году была выпущена грампластинка с записями фрагментов лучших работ Марка Прудкина последних лет в театре, на телевидении и радио.
Жил в Москве, в Глинищевском переулке, дом 5/7.
Марк Исаакович Прудкин умер 24 сентября 1994 года (по другим источникам - 25 сентября) в возрасте 96 лет, 75 из которых он посвятил театру. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище (участок № 10).
Файл:Glinishevsky5-7(Prudkin).jpg
Москва, Глинищевский переулок, 5/7. В этом доме Марк Исаакович жил в 1975-1994