Михаил Анатольевич Паньков родился 20 июля 1952 года в Бичурском районе Бурятии.
С 1969 года Паньков служил во внутренних войсках МВД СССР.
В 1973 году закончил Саратовское высшее военное училище ВВ МВД СССР, после чего работал на должностях командира взвода, роты, батальона полка и дивизии Внутренних войск.
Закончил Военную академию имени М. В. Фрунзе, а затем - Военную академию Генерального Штаба.
С 1995 года работал первым заместителем начальника Главного штаба Внутренних войск МВД РФ. Одновременно с 1995 по 1996 годы был командующим группировки Внутренних войск в составе группы федеральных войск в Чечне. Принимал участие в Первой Чеченской войне.
С 1998 года работал на должности заместителя Главнокомандующего ВВ МВД РФ по чрезвычайным ситуациям, а с мая 1999 года - на должности первого заместителя Главнокомандующего Внутренними войсками МВД РФ.
С вторжением боевиков в Дагестан в августе 1999 года Михаил Анатольевич Паньков был назначен на должность командующего группировки Внутренних войск на Северном Кавказе, на которой проработал до марта 2000 года. Паньков руководил операциями войск, в том числе в Новолакском районе Дагестана, где войска под руководством Панькова освободили 14 сёл, уничтожили 337 боевиков, захватили в плен 48 боевиков. Были захвачены 14 миномётов, 8 зенитных установок, 4 склада боеприпасов и ещё 2 склада были уничтожены.
С октября 1999 года воевал на территории Чечни и к концу года Внутренние войска заняли в Чечне 80 сёл и провели 136 спецопераций. В бою за село Знаменское 14 октября 1999 года командный пункт был атакован боевиками и был окружён. Михаил Анатольевич Паньков руководил боем по отражению атаки. В декабре 1999 - январе 2000 года принимал участие в штурме Грозного.
Указом исполняющего обязанности Президента Российской Федерации от 11 января 2000 года за проявленное мужество в боях и умелое руководство войсками в борьбе с террористическими формированиями на Северном Кавказе генерал-лейтенанту Михаилу Анатольевичу Панькову присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».
В феврале 2000 года Михаилу Анатольевичу Панькову присвоено воинское звание «генерал-полковник».
С октября 2000 года Паньков работал на должности начальника Главного штаба - первого заместителя Главнокомандующего ВВ МВД РФ, с апреля 2002 года - на должности заместителя министра внутренних дел РФ по Южному федеральному округу, а с 2005 года - на должности начальника Главного управления МВД РФ по Южному федеральному округу.
Указом Президента Российской Федерации от 9 февраля 2009 года генерал-полковник Михаил Анатольевич Паньков был освобождён от должности начальника Главного управления МВД РФ по Южному федеральному округу.