Марк Ротемунд родился 26 августа 1968 года.
Свою карьеру кинорежиссёра начал как ассистент своего отца режиссёра Зиги Ротемунда, а также других режиссёров. Затем как режиссёр снял несколько эпизодов для немецкого телесериала «Anwalt Abel». В 1998 году снимает свой первый фильм «Das merkwürdige Verhalten geschlechtsreifer Großstädter zur Paarungszeit» и получает премию «Bayerischer Filmpreis» в номинации Лучший начинающий режиссёр (нем. Regienachwuchspreis).
В 2000 году снимает молодежную комедию «Муравьи в штанах», на тему полового влечения у подростков. Фильм имел большой успех - посмотрели 1,7 миллионов зрителей. В 2005 году снимает фильм «Последние дни Софи Шолль», который был номинирован на 78 церемонии премии «Оскар» в номинации Лучший фильм на иностранном языке.
В 2007 выходит фильм «Сексуальная революция» о группе дилетантов, которые решили снять порнофильм. В 2010 году снимает новый фильм - «Группиз не остаются на завтрак», с Анной Фишер и Костей Ульманном в главных ролях.