Вернувшись в Россию, занял пост заместителя генерального директора по экономике и финансам в ЗАО «Трансуголь» (Москва, 1999-2000 гг.). В 2002-2003 году возглавлял Департамент лицензирования администрации Кемеровской области. После ухода с госслужбы занял должность вице-президента в финансово-промышленном союзе «Сибконкорд», где работал в 2002-2003 годах. Был соучредителем и президентом холдинга «Сибирский цемент», а также ряда других крупных компаний.
В настоящее время входит в состав Совета директоров РКК «Энергия».
В августе 2008 года учредил и возглавил инвестиционный фонд «Парус кэпитал лимитед», став президентом компании. Через этот фонд инвестирует в агробизнес, в IT-сектор, в недвижимость и строит новые заводы.
В 2008 году журнал «Финанс» оценил личное состояние Андрея Муравьева в 3,7 млрд руб. В феврале 2011 года его капитал оценивался в 290 млн долларов.
ООО «СПИК»В 2000 году Андрей Муравьёв стал соучредителем и возглавил ООО «Сибирская промышленная инвестиционная компания»(ООО «СПИК»).
В поле зрения общественности и прессы компания впервые попала в 2012 году в связи с судебными разбирательствами с холдинговой компанией «Сибирский цемент» по поводу невозврата холдингу крупного займа. Сумма в 30 млн.рублей была переведена со счетов «Сибирского цемента» на счета ООО «СПИК» в июне 2007 года. На тот момент Андрей Муравьёв занимал пост президента «Сибцема», а ещё один соучредитель ООО «СПИК» Андрей Кириков являлся членом совета директоров. В апреле 2012 года Арбитражный суд Кемеровской области принял решение взыскать задолженность с ООО «СПИК» в пользу ООО «Топкинский цемент» (дочерняя компания «Сибцема») вместе с пенями и неустойками на общую сумму 38,5 млн.рублей.
Холдинг «Сибирский цемент»В 2004 году А. Муравьёв выступил одним из соучредителей компании «Сибирский цемент», где в течение 4 лет (до 2008 года) занимал пост президента. В этот период компания объединила имеющиеся на сегодняшний день цементные активы, существенно вложилась в их модернизацию, вывела акции холдинга на биржу. Также Муравьёву удалось выстроить в холдинге эффективную систему продаж. К середине 2008 года «Сибцем» занимал 2 место по производству цемента в РФ и считался одной из самых эффективных компаний в отрасли (с доходностью до 53 % в год). По оценке журнала «Эксперт», капитализация компании в определённый момент достигла 5,7 млрд долларов. «Эксперт» пишет, что на тот момент это была «самая дорогая цементная компания в мире».
От оперативного управления компанией Муравьёв отошёл в августе 2008 года, покинув пост президента. Почти сразу же он начал постепенную продажу свей доли акций, объяснив это тем, что перестал принимать участие в управлении, «а с таким большим пакетом быть портфельным инвестором нецелесообразно». К осени 2009 года Муравьёв полностью продал свою долю в цементном бизнесе, заявив, что заинтересовался инвестициями в сельское хозяйство Краснодарского края и информационные технологии (на тот момент он имел 10 % акций в компании «Объединенные системы моментальных платежей».
Причины ухода Муравьёва как с поста Президента, так и из холдинга в целом СМИ объясняли разногласиями с председателем совета директоров «Сибцема» Олегом Шарыкиным по поводу сделки на 476 млн.евро по приобретению турецких активов компании Italcementi. Муравьёв выступал её инициатором, утверждая, что холдинг сможет не только укрепить позиции в России, но и выйти на мировые рынки. Ещё до его ухода с должности президента, в мае 2008 года, был заключён договор, и «Сибцем» перечислил продавцам (французской дочерней фирме Italcementi) задаток в 50 млн евро. Однако завершающий этап сделки не состоялся и к ноябрю договор был расторгнут. В начале 2009 года представители основного акционера «Сибирского цемента» - ООО "ФПС «Сибконкорд» - обратились в суд, заявив, что сделка совершалась без должного корпоративного одобрения и потому может считаться недействительной. Иск был удовлетворён. На этом основании холдинг начал борьбу за возврат задатка, которая по состоянию на конец 2012 года не завершена и остаётся предметом судебных разбирательств.
Летом 2012 года «Сибирский цемент» сообщил о масштабной аудиторской проверке, которая была проведена после ухода Муравьёва из холдинга. Как утверждали представители «Сибцема», она показала, что в период его пребывания на посту президента были допущены финансовые нарушения. В частности, на счета ряда лиц из числа топ-менеджеров команды Муравьёва (которые покинули холдинг вместе с ним) и связанным с ними компаниям были перечислены крупные кредиты, не возвращённые заёмщиками. Сейчас долги взыскиваются нынешним руководством «Сибцема» в судебном порядке. В числе ответчиков по данным искам числятся бывший вице-президент холдинга по экономике и финансам Сергей Храпунов, бывший член совета директоров Андрей Кириков (оба покинули компанию вскоре после ухода Муравьёва) и ООО «СПИК», где А. Муравьёв и А.Кириков выступают учредителями. Общая сумма задолженности вместе с пенями и неустойками по состоянию на август 2012 года составляла около 140 млн.рублей.
ОАО «РТМ»Осенью 2008 года Муравьёв вместе с ещё одним сооснователем «Сибцема», членом Совета директоров Андреем Кириковым через принадлежащие им оффшорные компании приобрели мажоритарный (около 42 %) пакет акций компании «РТМ», строящей и эксплуатирующей современные торговые комплексы. В ноябре 2008 года Муравьёв стал независимым членом Совета директоров РТМ", в декабре 2008 года был избран его председателем. Генеральным директором компании стал бывший коллега Муравьёва по «Сибцему», экс-вице-президент холдинга по экономике и финансам С. Храпунов.
Сделка c «РТМ» также фигурировала в СМИ в качестве одной из причин конфликта Муравьёва с менеджментом «Сибцема», поскольку принадлежность приобретаемых акций оспаривалась. Муравьёв сообщил, что приобретение доли в РТМ является его личной инвестицией и холдинг как юрлицо с этим событием не связан, «Сибирский цемент» подтвердил эту информацию.
По итогам первого полугодия (на конец июня) 2008 года, по оценке компании Colliers International, рыночная стоимость портфеля объектов ОАО «РТМ» составляла 983,4 млн долларов США. В июне 2009 года генеральный директор компании С. Храпунов сообщил в СМИ, что стоимость активов упала до 350-400 млн долларов США (в сообщениях СМИ подобная ситуация связывалась с кризисным падением цен на недвижимость и землю, в результате чего активы компании резко подешевели), а долговая нагрузка выросла с 486 млн до 530 млн долларов США. При этом объем дефолтных кредитов, не имеющих шансов на погашение, по оценке Храпунова составлял не менее 450 млн долларов США. В июле 2009 года «РТМ» инициировала процедуру банкротства. Осенью 2011 года в компании было введено конкурсное производство.
Летом 2012 года компания ООО «Инвестиционные Фонды» (один из кредиторов «РТМ», долги перед которым не были погашены) обратилась с письмом к депутату Госдумы А. Хинштейну, обвинив собственников ОАО «РТМ» в противоправных действиях. В частности, в письме утверждалось, что менеджмент компании фактически выводил из ОАО «РТМ» и его дочерних обществ денежные средства, ликвидное имущество и имущественные права, заключая фиктивные сделки и рассчитываясь по ним. По оценкам ООО «Инвестиционные Фонды», на протяжении 2008-2011 годов из ОАО «РТМ» и его дочерних обществ было выведено «не менее $60 млн арендной выручки (по всем объектам), более $6 млн в виде возмещения НДС (РТМ Липецк), $30 млн от прямой продажи незаложенных объектов, что в сумме составляет примерно $100 млн.». Кроме того, «Инвестфонды» обвинили руководство «РТМ» в умышленном невозврате займов крупнейшим банкам, кредитовавшим компанию, в числе которых - Сбербанк, Внешэкономбанк, «Юниаструм-Банк», «Альфа-Банк». Как сообщала «Российская Газета», ущерб финансистов от сотрудничества с девелопером составил не менее 300 млн долларов.
Инвестиционные фонды Parus Capital и Run CapitalСоздавая в 2008 году инвестиционный фонд «Parus Capital», Муравьев пригласил в партнеры известного инвестиционного банкира Бориса Синегубко, ранее 17 лет работавшего в банке UBS. Фонд ориентирован на российские ценные бумаги, которые, по мнению Муравьёва, недооценены зарубежными портфельными инвесторами. Муравьев утверждает, что начав c 30 млн долларов 2008 году в 2012 фонд располагает активами в 50 млн долларов США без дополнительного внешнего финансирования с ростом в 2012 году в размере 19 %. По утверждению совладельцев фонда, они располагают потенциальными ресурсами ещё на 150 млн долларов - как собственных так и заемных средств.
В 2009 году на базе ресурсов фонда была создана компания Parus Agro Group, специализирующаяся на растениеводстве, владеющая около 95 тысяч гектаров пашни в Краснодарском крае и на Украине. В структуру компании входят торговые и логистические компании и элеваторные мощности на 290 тысяч тонн единовременного хранения. Деньги фонда вложены также в компанию QIWI, а также в строительство недвижимости. Муравьев построил в 2010 году в Кемеровской области единственный в России завод по переработке и восстановлению крупногабаритных шин «Экопромсервис» и создал «Объединенную водную компанию в Пятигорске „по добыче и розливу минеральных вод“».
В 2014 году вместе с другими совладельцами компании QIWI Андрей Муравьев стал учредителем нового инвестфонда Run Capital. Фонда рассчитан на инвестиции в стартапы. Размер фонда - 30 млн долларов США.