Георг Шеффер родился 27 января 1779 в Мюннерштадте (Франкония). Изучал фармакологию в Мюнхене 1799-1800, а затем работал в аптеке в Муннерштадте. В 1804 году он начал учиться в Джулиуспитал Медицинском колледже в Вурзбурге. В январе 1808 получил звание доктора медицины и в том же году эмигрировал с женой Барбарой в Россию. Сначала он жил в Санкт-Петербурге, в 1812 переехал в Москву. За свои заслуги был пожалован титулом барона. По некоторым сведениям, был магистром Ордена масонов.
Помимо медицинской практики много времени уделял изучению ботаники и минералов.
В 1812 году Георг случайно встретился с другом детства Францем Леппихом на московской улице и был им назначен «директором физических и химических принадлежностей» на строительстве боевого управляемого аэростата в Воронцово. После неудачи Леппиха построить шар к Бородинскому сражению Георг сопровождал эвакуацию 130 подвод с материалами аэростата через Коломну в Нижний Новгород, а затем и в Ораниенбаум.
Потеря имущества при пожаре Москвы, признаки душевного расстройства у жены Барбары и отъезд Леппиха из России подвигли Шеффера в 1813 году принять участие в морской экспедиции на Аляску на военном шлюпе «Суворов». На Аляске был списан с борта корабля как «лицо, нетерпимое на судне».
ГавайиСм. также Экспансия Российской империи, см. 1816 год.
31 января 1815 года судно Русско-американской компании «Беринг» (купленное у американцев судно «Атауальпа») зашло в гавань Ваймеа на острове Кауаи для пополнения запасов воды и продовольствия. Во время стоянки неожиданно губернатор Кауаи Каумуалии объявил о конфискации судна и груза на сумму 100000 рублей.
В ответ на это руководитель Русско-Американской компании А. А. Баранов тут же послал на выручку вооружённую экспедицию на корабле «Открытие». Вначале Шеффер прибыл на Оаху, где его дружелюбно встретил король Камехамеха. Шеффер лечил королевскую семью, но постепенно король стал подозревать его в не совсем честных намерениях. Шеффер направился к Кауаи, приготовившись силой освободить корабль. Но оружия не потребовалось - король Каумулали был готов вернуть корабль и груз. Король искал могущественного покровителя в его желании быть независимым от Камехамеха и решил использовать в этом качестве Россию. Это полностью совпадало и с намерениями Шеффера завладеть островом и использовать его как промежуточный порт для кораблей Российско-Американской компании. В течение нескольких месяцев Шеффер утверждал русское присутствие на Кауаи и в результате получил королевский подарок - долину Ханалеи на севере острова, которую он переименовал в Шефферталь, а реку Ханапепе - в Дон.
Под руководством доктора в 1816 году были построены три форта: форт Елизавета, форт Александр и форт Барклай. В 1817 году в марте месяце к острову приплыли пять кораблей с вооруженными американцами и туземцами и разгромили все русские фактории и плантации, а российских подданных посадили на один из русских кораблей и заставили отплыть.
Прибыв в Санкт-Петербург, Шеффер представил правительству план оккупации Россией одного из Гавайских островов. Его поддержала Российско-Американская компания, но царь отклонил проект.
БразилияВ апреле 1818 на португальском судне «Лукония», следовавшем из Макао через Австралию и Китай, прибыл в Бразилию. В Рио-де-Жанейро добился аудиенции принцессы Леопольдины (Maria Leopoldina), супруги будущего императора Бразилии Педру I, и преподнёс ей в дар собранную им богатую ботаническую коллекцию, которая позже стала частью экспозиции королевского музея. Затем ненадолго вернулся в Европу, «чтобы уладить дела», и, вернувшись в Бразилию в 1821 вместе с четырьмя семьями своих соотечественников (47 человек), основал на пожалованных ему землях в штате Баия первую в Бразилии немецкую колонию Франкенталь.
В сентябре 1822 был отправлен в Европу с поручением о вербовке немецких солдат и новых поселенцев. Эта миссия положила начало массовой немецкой иммиграции в Бразилию, недавно провозгласившую свою независимость от Португалии. В июле 1828 Шеффер вернулся в Бразилию и ходатайствовал перед императором о предоставлении ему титула виконта Франкенталь Жакаранда, но получил отказ и лишь денежное вознаграждение за свои труды в Европе. Спустя некоторое время вновь прибыл в Европу. В 1829 добивался (безуспешно) своего назначения на должность бразильского посла в Германии.
Умер в неизвестности, предположительно в 1836, в основанной им колонии Франкенталь.