Родился в семье профессора русской словесности нежинского юридического лицея.
С 1889 года обучался в Санкт-Петербургском университете у А. А. Маркова. В 1894 году защитил магистерскую диссертацию «О целых числах, зависящих от корня уравнения третьей степени». В том же году был избран профессором Варшавского университета, где занимался исследованием цепных дробей. У Вороного обучался Вацлав Серпинский.
В 1897 году защитил докторскую диссертацию «Об одном обобщении алгоритма непрерывных дробей», удостоенную премии имени Буняковского.
Умер в Варшаве от желчекаменной болезни.
В честь Вороного названа диаграмма Вороного, применяющаяся в информатике.
Теорема Вороного о параллелоэдрах: всякий примитивный параллелоэдр аффинно эквивалентен DV-области некоторой решётки.