Сергей Колесников родился 28 сентября 1968 года в городе Миассе Челябинской области. Отец - Александр Сергеевич Колесников, в 1990-е годы - известный бизнесмен, депутат Смоленского городского совета, жертва заказного убийства. В 1989 году он окончил Киевское высшее военно-морское политическое училище, после чего служил на Тихоокеанском флоте. С начала 1990-х годов Колесников работал в прокуратуре Смоленской области. С 1996 года он занимал должность старшего следователя отдела по расследованию особо важных дел прокуратуры Смоленской области.
Могила Сергея Колесникова на Братском кладбище Смоленска.
Будучи следователем прокуратуры, Колесников имел связь с известным смоленским криминальным авторитетом Тиграном Петросяном. Неоднократно ведя дела, возбуждённые против него, Колесников постоянно закрывал их за отсутствием состава преступления. Так было в 1992 году, когда Петросян с подельниками был задержан по подозрению в разбойном нападении на фирму «Катран»; в 1996 году, когда Петросян со своим другом Игорем Ниловым был задержан за незаконное хранение оружия; в 1997 году, когда Петросян был задержан за покушение на убийство смоленского бизнесмена. Впоследствии Колесников неоднократно в своих интервью опровергал информацию о каких бы то ни было связях с Петросяном.
В 1998 году Колесников уволился из прокуратуры и встал во главе ОАО «Бахус», крупного предприятия, производящего алкогольные напитки. В том же году он был избран депутатом Смоленской областной думы 2-го созыва от Промышленного района Смоленска. Учтя его опыт работы в правоохранительных органах, депутаты выдвинули его в председатели постоянной комиссии по вопросам местного самоуправления, законности и правопорядка.
Могилы семьи Колесниковых на Братском кладбище Смоленска.
Первое покушение на Колесникова было совершено 28 сентября 1999 года. В окно его кабинета неизвестные преступники выстрелили из ручного огнемёта «Шмель» с крыши противоположного здания. Колесникова, отмечавшего в это время день своего рождения, спасло то, что капсула огнемёта не взорвалась. Тогда же при проверке территории завода было обнаружено взрывное устройство у входа. 26 января 2000 года произошло новое покушение на Колесникова. У квартиры, где он жил, неизвестными было заложено взрывное устройство мощностью, эквивалентной 400 граммам тротила. От произошедшего взрыва пострадал младший брат Сергея Колесникова Константин, который возглавлял службу безопасности «Бахуса».
11 июля 2000 года Колесников был убит на 369-м километре автотрассы «Москва-Минск». В районе деревни Бережняны его служебный автомобиль «Альфа-Ромео» был обстрелян автоматным огнём из проезжавшей машины. Колесников и его водитель погибли на месте, а его охранник получил тяжёлые ранения. Предполагаемые преступники были вскоре задержаны, однако через полгода они были отпущены за недоказанностью их вины.
Похоронен на Братском кладбище Смоленска, рядом со своим отцом и братом Константином, убитым через два года после него.