Родился в городе Южно-Сахалинске в семье кадрового военного, генерал-майора, участника Великой Отечественной войны.
В 1952 году был крещён в Москве, где отец обучался в академии им. Фрунзе. Затем семья проживала в местах службы отца - Прибалтике, Украине, странах дальнего зарубежья и с 1963 года - в Новосибирске.
В 1965 году поступил в Новосибирский архитектурный институт, после окончания которого преподавал в том же институте. В 1970 году женился.
В 1975 году принят в Союз художников России, после чего стал профессионально заниматься изобразительным искусством, участвуя во всесоюзных, республиканских и международных выставках. В 80-х годах помогал благоукрашать храмы Новосибирской епархии как архитектор и иконописец.
В 1983 году семья переехала из Новосибирска во Владимир. 3 февраля 1992 года супруга скончалась после тяжёлой болезни.
28 марта 1992 года епископом Владимирским и Суздальским Евлогием был рукоположён в сан диакона, 19 апреля того же года - во священника.
1 сентября 1992 года назначен председателем строительно-хозяйственного отдела при Владимирском епархиальном управлении и членом епархиального совета.
1 мая 1993 года назначен старшим священником Свято-Успенского Княгинина женского монастыря города Владимира, 22 августа 1995 года - секретарём Владимирского епархиального управления.
13 апреля 1997 года пострижен в монашество с именем Иннокентий в честь святителя Иннокентия, митрополита Московского и Коломенского.
12 апреля 1998 года возведён в сан игумена.
Окончил заочный сектор Владимирской Свято-Феофановской духовной семинарии.
21 декабря 2005 года назначен наместником Александровского монастыря города Суздаля и благочинным монастырей Суздальского округа с сохранением обязанностей секретаря епархиального управления.
19 марта 2007 года возведён в сан архимандрита.
По благословению архиепископа Евлогия (Смирнова) участвовал в международных конференциях и выставках в Италии и Германии. Представлял епархию на Всемирном русском народном соборе и различных всецерковных форумах.
АрхиерейРешением Священного синода от 27 июля 2011 года (журнал № 70) избран епископом Нижнетагильским и Серовским.
18 августа 2011 года в Тронном зале Патриарших покоев Храма Христа Спасителя Патриарх Московский и всея Руси Кирилл возглавил чин наречения архимандрита Иннокентия (Яковлева) во епископа Нижнетагильского и Серовского.
19 августа 2011 года, в праздник Преображения Господня, в Храме Христа Спасителя Патриарх Кирилл возглавил хиротонию архимандрита Иннокентия (Яковлева) во епископа Нижнетагильского и Серовского. Ему сослужили: митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий; управляющий делами Московской Патриархии митрополит Саранский и Мордовский Варсонофий; архиепископ Истринский Арсений; архиепископ Владимирский и Суздальский Евлогий; архиепископ Рязанский и Касимовский Павел; председатель Учебного комитета Русской Православной Церкви архиепископ Верейский Евгений; архиепископ Екатеринбургский и Верхотурский Кирилл; руководитель Административного секретариата Московской Патриархии епископ Солнечногорский Сергий.
24 августа 2011 года прибыл на Средний Урал в г. Нижний Тагил к месту своего служения.
С 12 по 23 декабря 2011 года слушал двухнедельные курсы повышения квалификации для новоизбранных архиереев Русской Православной Церкви в Общецерковной аспирантуре и докторантуре имени святых равноапостольных Кирилла и Мефодия.