Детство и молодостьУчился в гимназии в Санкт-Петербурге, продолжил обучение в реальных училищах в Бугуруслане и Томске.
После революции вместе с матерью и младшими братьями выехал в эмиграцию в Китай.
В 1922 году окончил Харбинское русское реальное училище. В 1923-1929 был рабочим на Китайской Восточной железной дороге (КВЖД).
Служение в Китае и ИндииВ 1928-1931 годы изучал богословие в Свято-Владимирском институте, был келейником и секретарём архиепископа Нестора (Анисимова).
В 1929 году был пострижен в монашество и рукоположён в сан иеромонаха. В 1933 году рукоположён в сан игумена.
В 1934 году окончил Высшие богословские курсы в Харбине.
Был настоятелем церкви и законоучителем в детском приюте при Доме милосердия в Харбине.
В 1934-1937 - редактор издания «Православный голос».
Участвовал в нескольких археологических экспедициях, в том числе во главе с известным французским философом и католическим монахом Пьером Тейяром де Шарденом. В 1935 году собрал коллекцию каменных орудий палеонтологического человека и костей плейстоценовых животных, получившую высокую оценку Тейяра де Шардена.
В 1935-1936 годы занимался миссионерской деятельностью в Керале (Индия).
В 1936 году возведён в сан архимандрита.
В 1937-1939 годы - начальник православной миссии на Цейлоне.
В 1938 году был участником 3-го Всезарубежного собора.
Деятельность во время Второй мировой войныПеред Второй мировой войной переехал в Европу, жил в Словакии, где был помощником настоятеля монастыря преподобного Иова Почаевского в Ладомировой, редактировал издание «Православная Русь», издавал богослужебные и просветительские книги для оккупированных немецкими войсками областей СССР. В 1939-1944 - редактор журнала «Детство во Христе». Эмигрировал на Запад при приближении советский войск в 1944 году.
В 1945 году назначен настоятелем Воскресенского собора в Берлине.
Принимал участие в спасении «перемещённых лиц» из числа советских граждан, которые по разным причинам оказались в Германии во время войны. Некоторые из них ранее сотрудничали с немцами, другие были угнаны силой, однако всем им в случае возвращения в СССР угрожали репрессии. Советские власти требовали выдачи всех «перемещённых лиц», однако архимандрит Нафанаил предотвратил передачу СССР из английской оккупационной зоны около 600 человек, находившихся в лагере под Гамбургом. Он подтвердил, что все они являются польскими гражданами и поэтому не подлежат выдаче. В этой деятельности архимандриту Нафанаилу помогал иеромонах Виталий (Устинов), затем ставший митрополитом Русской православной церкви за рубежом (РПЦЗ)
Архиерей10 марта 1946 года в Женеве хиротонисан во епископа Брюссельского и Западно-Европейского. Хиротонию совершили митрополит Анастасий (Грибановский) и епископом Иероним (Чернов).
В 1947-1949 годы также редактировал «Православные сборники» в Париже.
В 1948 году служил панихиду во время Франко-славянской манифестации в Париже.
С 1951 года - епископ Престона и Гааги, жил в Англии.
С 1952 года - администратор приходов РПЦЗ в Северной Африке, изучал церковную историю этого региона в первые века христианства. Стал инициатором строительства кафедрального Воскресенского собора в Тунисе, добившись поддержки прихожан в этом вопросе.
Вместе с владыкой Иоанном (Максимовичем) был одним из инициаторов включения в святцы Русской Церкви имен ряда святых, прославленных на Западе до 1054 года - даты разделения Восточной и Западной церквей.
В 1953 году одним из его клириков обвинён в том, что имел любовницу, которая родила ему двоих детей. Митрополит Анастасий обвинениям не поверил и санеа его не лишил.
С 1954 года жил в монастыре преподобного Иова Почаевского в Мюнхене, окормлял приходы в Мангейме и Берлине, преподавал Ветхий и Новый Завет. Был редактором «Церковного голоса» (1955-1964) и «Вестника православного дела» (1959-1963).
С 1966 по 1980 год - настоятель монастыря преподобного Иова Почаевского.
С 1961 года до смерти состоял членом Свято-Князь-Владимирского братства, неоднократно председательствовал на его Общих собраниях, с 1964 по 1978 состоял в правлении Братства.
С 1971 года - временно управляющий Австрийской епархией, с 1976 года - епископ Венский и Австрийский.
В 1975 года получил в распоряжение своей епархии бывший католический храм святой Бригитты в Вене. Он попросил у Архиерейского Синода РПЦЗ разрешения вновь освятить храм в честь этой святой - ирландской подвижницы V века, имени которой не было в «зарубежных» святцах. Однако ответ из Синода долго не поступал, австрийские власти настаивали на скорейшем решении вопроса, и владыка Нафанаил по своей инициативе освятил храм в честь почитаемой им ирландской святой.
В 1981 году возведён в сан архиепископа.
В конце жизни жил на покое в монастыре преподобного Иова Почаевского в Мюнхене. Полуслепой и практически лишённый возможности передвигаться, владыка Нафанаил наладил в этой обители значительную по масштабам издательскую деятельность, направленную на выпуск духовных книг и брошюр, тайно переправлявшихся в СССР.
В день святого великомученика Димитрия Солунского, в субботу 8 ноября 1986 года, после длительной болезни мирно почил в обители преподобного Иова. 11 ноября в обители отпевание владыки Нафанаила совершили преосвященные Антоний (Бартошевич), архиепископ Женевский и Западно-Европейский, и Марк (Арндт), епископ Берлинский и Германский, с сонмом священнослужителей и при большом стечении верующих из Германии, Австрии и Франции. Тело покойного было перевезено в Висбаден, где на следующий день была совершена панихида и погребение на русском кладбище у церкви Святой Елизаветы.
Современники отзывались о владыке Нафанаиле как о высокообразованном религиозном деятеле, проникновенном духовном проповеднике. По их воспоминаниям,
своими краткими беседами он открывал сердца и многих привёл ко Христу Спасителю. Он обладал обширными знаниями в различных областях человеческой мысли, особенно в богословии, философии, литературе, не только русской, но и всемирной. Он был автором многих статей, опубликованных в разных журналах русского рассеяния, и многих жизнеописаний в «Житиях святых», изданных Мюнхенским монастырем.