В 1974 году призван на срочную службу в Вооружённые Силы. Служил в пограничных войсках СССР, в Северо-Западном пограничном округе. После увольнения в запас в 1976 году поступил на службу в органы Комитета государственной безопасности СССР. В 1980 году окончил Высшую школу КГБ СССР имени Ф. Э. Дзержинского, оставлен в ней для преподавательской работы, в 1989 году окончил аспирантуру при ней. С 1994 года - учёный секретарь Академии ФСБ России.
В 1997-1998 годах - начальник Управления делами Федеральной пограничной службы Российской Федерации.
С 1998 года - руководитель аппарата Совета Безопасности Российской Федерации.
В апреле 2001 года в команде С. Б. Иванова переведён в Министерство обороны Российской Федерации на должность начальника Управления делами министерства. Уже в июле 2001 года назначен начальником Главного управления кадров Министерства обороны Российской Федерации. С июня 2002 года - заместитель Министра обороны Российской Федерации по кадрам - начальник Главного управления кадров Минобороны России. Находясь в этой должности, курировал также всю систему высших учебных заведений Министерства обороны.
В октябре 2004 года назначен начальником Службы кадровой и воспитательной работы Министерства обороны. С сентября 2005 года - статс-секретарь Министерства обороны - заместитель министра обороны. В его ведении находятся Главное управление кадров, Главное управление воспитательной работы, Главное управление государственной службы Министерства обороны России.
30 марта 2009 года уволен с военной службы в запас и переведён в разряд федеральных государственных служащих с сохранением должности статс-секретаря - заместителя министра обороны Российской Федерации.
Панков лично летал в Анапу, где уговаривал депутатов городского собрания выделить участок земли «для нужд министерства обороны»., где встречался с депутатами городского собрания и уговаривал их передать министерству обороны участок по адресу Краснодарский край, г. Анапа, пос. Большой Утриш, ул. Набережная, 1а, "База отдыха «Большой Утриш» - разумеется, «для нужд министерства». Конкретнее - для строительства радиолокационной станции, без которой, как заверил депутатов Панков, «упадет обороноспособность страны».
Депутатов уговорил, те землю выделили. И Панков организовал на той земле строительство жилого дома площадью 600 кв м с бассейном, эллингом для яхт. Только вот ничего, даже отдаленно напоминающего радиолокационную станцию, там нет. И все это - в заповеднике, где растет особо охраняемый реликтовый можжевеловый лес, и где, по закону, разрешено возводить только временные постройки.
При въезде на объект нет никаких табличек, которые бы указывали, что он принадлежит министерству обороны. контракт на строительство (оплачивало министерство обороны, то есть государство) был заключен с компанией, принадлежащей мужу сестры Сердюкова - Пузикову. И Анатолий Сердюков не забыл отблагодарить Панкова. Едва ли возможно приобрести такую дорогостоящую недвижимость на зарплату военнослужащего, пусть и высокопоставленного.
Газета «Век» рассказала о непосредственном участии Николая Александровича Панкова в похищении антикварных бронзовых оленей из Дома офицеров в Ростове: «Есть в Ростове-на Дону Дом офицеров. А в нем были - именно были, потому что в 2010 году туда „заехали“ Сердюков с Панковым, после чего их не стало - два бронзовых оленя. Трофеи из Германии! Образцы нацистского искусства. Историческая ценность, безусловно, колоссальна. И рыночная немаленькая - такие вещи уходят на аукционах „пулей“ за суммы с множеством нулей.»
«Федеральное Агентство Расследованиий» обращало внимание также на факт, что «Панков - не совсем обычный офицер советского периода. Он прослужил всю свою карьеру не просто в одном и том же городе - Москве, а практически в одном и том же здании, поэтому армию понимает, в основном, теоретически.»