Начал заниматься футболом с 7-ми лет на стадионе «Алмаз». В 1976 старший брат Павел привёл его на стадион клуба «Локомотива», а в 1980 он же привёл его в школу «Спартака», где тренером у Шалимова был Игорь Нетто).
С 17 лет - в дубле «Спартака». В 1986 забил 11 голов в дубле, дебютировал в основе. Сначала играл нападающего, а с 1988 - полузащитника-оттянутого нападающего (занял место Черенкова, которого Бесков перевёл на правый фланг).
Имея большой опыт выступлений за сборную России, тем не менее, никогда не принимал участия в чемпионате России - после завершения последнего чемпионата СССР в 1991 году Шалимов перешёл в итальянский клуб «Фоджа» и с этого времени, на протяжении всей карьеры, выступал только за иностранные клубы.
В 1992, после удачного сезона в «Фодже», когда был признан лучшим иностранцем в Серии А, куплен «Интернационале» за $9,3 млн. Контракт был подписан на 4 года. В новом клубе Шалимов сразу стал игроком основы, в первом же сезоне забил 9 голов.
К началу сезона 1993/94 «Интер» приобрёл двух голландцев - Бергкампа и Йонка, у которых в контракте было записано - они должны выходить на поле вместе. Место Шалимова в основе стало шатким, поддержки со стороны руководства у него не было. Шалимов играл с перерывами и нестабильно.
В новом сезоне 1994/95 он был уже прочно среди запасных. В конце 1994 отдан в аренду в «Дуйсбург», однако с клубом успехов не добился, более того - команда вылетела во 2-ю бундеслигу.
Сезон 1995/96 снова начал в аренде, на этот раз - в швейцарском «Лугано» (у клуба дружеские связи с «Интером»). Вместе с новым клубом отлично выступил в Кубке УЕФА, одолев в одном из раундов «Интер». В ноябре 1995 вернулся в Италию, выступал за «Удинезе».
В 1996 подписал контракт на один год (с возможностью продления ещё на 2 сезона) с «Болоньей». Поначалу выходил на замены, затем стал игроком основы. Развитию карьеры помешала травма (разрыв связок колена) в матче с «Миланом» в начале сезона 1997/98, из-за которой пропустил 4 месяца.
В июле 1998 перешёл в «Наполи» (контракт был подписан по системе «1+1»), где и вынужден был завершить карьеру из-за допингового скандала.
Шалимов был одним из футболистов сборной России, чья подпись стояла под «Письмом четырнадцати».
После завершения игровой карьеры занят тренерской деятельностью, имеет итальянскую лицензию тренера. Для возможности тренировать российские клубы премьер-лиги проходит обучение в высшей школе тренеров России (ВШТ) (с 2007 года).
Выступления за сборныеСборная СНГ по футболу перед матчем с командой Германии на чемпионате Европы по футболу 1992. Игорь Шалимов - № 6
Игрок сборных СССР, СНГ и России. В составе каждой из этих сборных участвовал в крупных международных турнирах:
- за СССР - чемпионат мира 1990
- за СНГ - чемпионат Европы 1992
- за Россию - чемпионат Европы 1996