Родился 3 апреля 1935 года в городе Оомия, префектура Саитама, Япония, в буддийской семье.
Учась в начальной школе, посещал Токийский Воскресенский собор (Николай-до), чтобы послушать православные песнопения. Синдзи стал посещать просветительский миссионерский кружок, основанный в 1950 году священником Иаковом Ниидзума, и в 1952 году принял крещение с именем Василий.
Получив среднее образование, он готовился к поступлению в университет, однако обращение в православие переменило его взгляды, и в 1954 году он поступил в недавно возрожденную Токийскую духовную семинарию. 5 февраля 1958 года вместе с другими семинаристами основал религиозный журнал «Путь („Мити“)». Хотя издание журнала прекратилось выпуск после четырёх выпусков, он послужил для Василия началом его писательских и издательских трудов.
По окончании семинарии Василий был направлен в качестве катехизатора в храм во имя великомученика Димитрия Солунского в город Ямато. Одновременно он принял на себя обязанности редактора официальной японской церковной газеты Православный Вестник (Сэйкёо Дзихоо). После он два года служил катехизатором в церкви района Канда (Токио), а в июле 1962 года был переведён в храм во имя апостола Иакова города Кагосима. Здесь он продолжал катехизаторское служение, нередко посещая с миссионерскими визитами отдаленные пределы острова Кюсю. В 1964 году епископ Владимир (Нагосский) рукоположил катехизатора Василия во диакона и вскоре - во пресвитера.
В июле 1965 года был направлен учиться в Свято-Тихоновскую духовную семинарию в Южном Ханаане, штат Пеннсильвания, США, где он пробыл два года, после чего вернулся в Кагосимский храм.
К 1969 году, когда Японская Православная Церковь была в преддверии обретения автономии, возникла необходимость избрания епископов из японцев. 19 октября, на внеочередном собрании по этому вопросу было избрано два кандидата - служащий в Японии американец иеродиакон Серафим (Сигрист) и отец Василий, который, подчинившись воле Церкви, принял постриг с именем Феодосий в честь святителя Феодосия Черниговского. 2 ноября 1969 года, согласно с решением Архиерейского Собора Американской Митрополии, архимандрит Феодосий был хиротонисан во епископа архиепископом Сан-Францисским Иоанном (Шаховским) и епикопом Токийским Владимиром (Нагосским). В феврале 1970 года на Соборе Японской Церкви епископ Феодосий был назначен епископом Киотосским и Западнояпонским.
В составе японских делегаций Феодосий принял участие в поездках в СССР, завершившихся снятием прещений, наложенных в 1947 году на Американскую Митрополию патриархом Алексием и Священным Синодом Русской Церкви и дарованием Японской Церкви автономии 10 апреля 1970 года.
Новопоставленный архиерей недолго занимал Киотосскую кафедру и уже 19 марта 1972 года на Соборе Японской Церкви, в связи с отъездом митрополита Владимира (Нагосского) в США, был единогласно избран архиепископом Токийским, митрополитом всея Японии, новым предстоятелем Японской Автономной Церкви. Патриарх Пимен и Священный Синод Русской Церкви утвердили избрание 22 марта 1972 года.
Стремясь упорядочить церковную жизнь, митрополит Феодосий способствовал утверждению пяти- и десятилетних планов развития Японской Церкви. Эти планы стали основой деятельности Церкви по расширению проповеди, воспитанию церковнослужителей, упрочению материальной базы и созданию внецерковных связей. Митрополиту Феодосию удалось добиться финансовой независимости Церкви и обеспечить жалование духовенству. С самого начала своего предстоятельства владыка указывал, что главная задача Японской Церкви - деятельная проповедь Христовой истины внешнему миру.
В последние годы жизни митрополит Феодосий много трудов положил на восстановление Воскресенского собора в Токио. Компания по сбору средств на реставрацию собора началась в ноябре 1990 года. Для украшения интерьеров храма митрополитом Феодосием были приглашены мастера из России. В 1997 году трудами и попечением митрополита Феодосия на пожертвования прихожан были вызолочены и украшены платиной все три иконостаса собора. В 1998 году состоялось торжественное освящение обновлённого собора.
Скончался 7 мая 1999 года. Почивший архипастырь был похоронен на кладбище Янака, где находится гробница равноапостольного Николая Японского и где покоятся также японские митрополит Сергий (Тихомиров) и епископ Николай (Оно).
За годы служения Митрополита Феодосия как главы Японской Автономной Православной Церкви (1972-1999) удалось создать самостоятельную церковь.