Теодор Ничке родился 3 апреля 1834 года в Бреслау. В 1853 году поступил в Университет Бреслау, где изучал теологию, философию и естественные науки. В 1858 году получил степень доктора философии, после чего стал преподавать в Мюнстере.
С 1867 года Ничке - профессор ботаники Мюнстерского университета и директор Мюнстерского ботанического сада. На протяжении нескольких лет он был главным редактором журнала Natur und Offenbarung. В 1869 году он основал Мюнстерское садоводческое общество.
30 августа 1883 года Теодор Ничке скончался.
Основной гербарий Теодора Ничке хранится в Ботаническом музее Берлин-Далем (B).