Родился в многодетной крестьянской семье; начальное религиозное образование получил от своей матери Антонины Леонтьевны Судаковой-Позоровой.
По окончании Малиновской средней школы в 1972 году в течение года работал в своём селе почтальоном и на кирпичном заводе. Осенью 1973 года был призван в вооружённые силы СССР и направлен в состав группы советских войск в ГДР, где служил механиком-водителем танков в подразделениях в Бранденбурге и Потсдаме.
В ноябре 1975 года, по увольнении в запас, устроился алтарником в Михаило-Архангельский собор города Сердобска Пензенской области. По совету настоятеля собора архимандрита Модеста (Кожевникова) решил получить духовное образование и стать на путь монашества.
В 1976 году подал прошение в Московскую духовную семинарию. Уже в семинарии окончательно решил связать свою судьбу с иночеством, и в октябре 1977 году он был принят послушником в братство Троице-Сергиевой лавры.
30 марта 1978 года наместником лавры архимандритом Иеронимом (Зиновьевым) был пострижен в монашество с наречением имени Варсонофий в честь святителя Варсонофия, епископа Тверского.
27 апреля 1978 года архиепископом Дмитровским Владимиром (Сабоданом) был рукоположен в сан иеродиакона, 26 ноября того же года им же - в иеромонаха. После этого до 1982 года нёс послушание помощника ризничего.
В 1979 году окончил за 3 года (вместо четырёх) Московскую духовную семинарию.
Находясь на послушании в Троице-Сергиевой лавре, игумен Варсонофий имел тесную дружбу с духовниками обители архимандритами Кириллом и Наумом. Его непосредственными духовными начальниками были ризничий архимандрит Аристарх (Станкевич); благочинный, а затем наместник архимандрит Евсевий (Саввин); благочинный архимандрит Марк (Петровцы).
В 1982 году возведён в сан игумена и до 1986 год нес послушение помощника благочинного.
В 1982 году поступил в Московскую духовную академию.
Во время обучения в Московских духовных школах игумен Варсонофий каникулярное время ежегодно проводил в Пюхтицком женском монастыре в Эстонии. Здесь ему приходилось не раз сослужить митрополиту Таллинскому и Эстонскому Алексию (Ридигеру) и получать духовное назидание от игумении Варвары (Трофимовой), многолетней настоятельницы монастыря, и от сестёр этой обители.
В 1986 году окончил МДА с защитой диссертации «Афон - великая сокровищница Православия» на соискание степени кандидата богословия. Руководителем научной работы был архимандрит Иннокентий (Просвирнин).
С 15 сентября 1986 по 15 июня 1988 года был настоятелем Казанской церкви города Кузнецка Пензенской области. В 1987 году возведён в сан архимандрита.
С 15 июня 1988 по 7 февраля 1991 года - настоятель Успенского собора Пензы, секретарь Пензенского епархиального управления (правящий архиерей - архиепископ Серафим (Тихонов)). Неся послушание у епископа, позднее архиепископа Серафима, много получил от него назидательных уроков и в совершении богослужения, и в канцелярской работе, и в административной деятельности.
Участник Поместных соборов Русской Православной Церкви в 1988 и 1990 годах.
Архиерейство29 января 1991 года решением Священного Синода была образована Саранской епархии путём выделения из Пензенской епархии, на которую назначен архимандрит Варсонофий.
8 февраля 1991 года в Московском Богоявленском кафедральном соборе был хиротонисан во епископа Саранского и Мордовского. Хиротонию совершил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II в сослужении шестнадцати епископов. 15 февраля того же года прибыл в Саранск.
Хорошо знал дела в Мордовии, так как по должности секретаря Пензенского епархиального управления часто бывал в Саранске и храмах республики, имел конкретное представление об экономическом, политическом и культурном состоянии приходов. Возглавив новую епархию, владыка Варсонофий, опирающийся в своей деятельности на волю православного народа и помощь доброжелателей Церкви, открыл более 200 новых приходов и 14 монастырей, духовное учебное заведение, основал епархиальную печать и др.
22 февраля 2001 года возведён в сан архиепископа.
16 июля 2005 года решением Священного Синода включён синодальную рабочую группу по разработке «концептуального документа, излагающего позицию Русской Православной Церкви в сфере межрелигиозных отношений».
31 марта 2009 года определением Священного Синода Русской православной церкви назначен исполняющим обязанности управляющего делами Московской Патриархии.
С 27 июля 2009 года - член Межсоборного присутствия Русской Православной Церкви.
С 25 декабря 2009 года - управляющий делами Московской Патриархии, постоянный член и секретарь Священного Синода.
В 2009-2013 годы - председатель Наградной комиссии при Патриархе Московском и всея Руси.
1 февраля 2010 года «во внимание к усердному служению Церкви Божией и в связи с назначением управляющим делами Московской Патриархии» возведён в сан митрополита.
Выступил инициатором создания на территории Мордовии двух новых епархий:
| Для эффективного управления епархией в ней не должно быть больше 150 приходов. <…> Разделив Мордовию на три епархии, мы решим основные наши проблемы. Новые епископы смогут более последовательно и внимательно работать с приходами. |
30 мая 2011 года из состава Саранской были выделены Ардатовская и Краснослободская епархии. Тогда же он был назначен временно управляющим Ардатовской епархией, которой управлял до 14 октября 2011 года. 6 октября 2011 года назначен главой новообразованной Мордовской митрополии.
19 марта 2014 года решением Священного Синода владыке Варсонофию определено быть преосвященным Санкт-Петербургским и Ладожским, главой Санкт-Петербургской митрополии, с временным сохранением за ним должности управляющего делами Московской Патриархии.