Родился в семье поэтессы А. Герцык и ученого-биолога, издателя философской литературы и журнала «Вопросы жизни» Д. Е. Жуковского.
После смерти матери в 1925 году семья Даниила разъединилась. Отец был арестован в Симферополе, где имел небольшой заработок в Таврическом университете. Младшего брата взяли на попечение знакомые, а Даниил поступил в Крымский пединститут на физико-математическое отделение и жил самостоятельно. Сформировался круг его интересов: математика, поэзия, теория стиха.
В 1931-1934 годы семья воссоединилась в Иванове. Д. Е. Жуковский, получивший запрет на жительство в больших городах и находившийся под наблюдением НКВД, работал в лаборатории, младший брат учился в медицинском институте, Даниил преподавал рабочим математику и физику. Затем он переехал в Москву где посещал литературные кружки, участвовал в дискуссиях, его математические занятия вышли на более высокий уровень (он заочно поступил в МГУ).
Из писем, сохранившихся в архиве семьи Герцык-Жуковских, складывается трогательный образ Даниила Жуковского - незащищенного юноши, вступившего в неравную борьбу со временем. Эта внутренняя борьба, часто отзывавшаяся тяжелыми, угнетенными состояниями при чрезвычайно жизнерадостном и деятельном природном характере Даниила, продолжалась всю его недолгую жизнь.
23 ноября 1935 года он написал своей тёте Евгении Герцык: «Теперь для меня уже нет сомнения в том, что больше всего эпоха виновата в том, что я не пишу. Сейчас действительно просто стыдно петь соловьем, а я, по-видимому, именно так и пел бы… Весной было особенно страшно, когда каждый день приходилось вычеркивать из записной книжки адреса своих товарищей гибнущих…»
Сталинские репрессии не прошли мимо Даниила Жуковского - 1 июня 1936 года произошёл обыск с арестом по обвинению в «хранении контрреволюционных стихов Волошина» и «измышлении о жизни советских людей» (в разговоре упомянул о голоде на Украине). Первый приговор - пять лет. Но там же, в тюрьме, по доносу - новое обвинение и новый приговор, подписанный особой тройкой 15 февраля 1938 года. Скорее всего, уже на следующий день, в день рождения матери, двадцативосьмилетний Даниил Жуковский был расстрелян.
Наиболее громкие имена - Волошин и Брюсов, Шестов и Бердяев, Ильин и C. Булгаков, Цветаева, Ремизов, Вячеслав Иванов.