Фёдор Гааг родился 24 октября 1836 года в городе Тамбове в семье учителя французского языка в Тамбовской гимназии. По окончании курса в гимназии где преподавал его отец, он, в 1853 году, поступил в Московский университет. В 1858 году окончил с отличием курс со степенью лекаря.
В 1860 году он был назначен ассистентом хирургической госпитальной клиники университета при профессоре Александре Петровиче Попове, но вскоре должен был прекратить занятия, из-за болезни глаз, в следствии Гааг более года находился тёмной комнате. По выздоровлении он с усердием принялся за изучение хирургии. В конце XIX - начале XX века на страницах Русского биографического словаря под редакцией А. А. Половцова говорилось, что он, «как хирург обладал золотыми руками и верным взглядом».
Вид Шереметевской больницы с Сухаревой башни (1914 год)
В 1863 году Фёдор Егорович Гааг занял место штатного ординатора Ново-Екатерининской больницы и в этом же году был приглашен оператором в Шереметевскую больницу; должность эту он занимал до самой смерти.
В 1868 году получил степень доктора медицины защитив диссертацию под заглавием: «О резекциях на стопе».
В 1871 году Советом университета он был избран в доценты для преподавания о болезнях мочеполовой системы. Позднее, получив в заведование специальную клинику, Гааг оставил должность ординатора больницы.
С 1867 года Ф. Е. Гааг состоял действительным членом Московского физико-медицинского общества и несколько раз избирался коллегами на должность товарища (заместителя) председателя этой организации. Помимо этого, он являлся членом некоторых других обществ, в том числе в Медико-филантропическом обществе, к которому, по словам современников, питал особую симпатию.
Фёдор Егорович Гааг скончался 4 октября 1875 года в городе Москве и был похоронен на иноверческом кладбище на Введенских горах, где ему был воздвигнут памятник на средства родных и Медико-филантропического общества.