Уильям Генри Лонг родился в на территории округа Наварро в Техасе. Учился в Бэйлорском университете в городе Уэйко, окончил его в 1888 году со степенью бакалавра искусств. Впоследствии преподавал в Университете, будучи профессором естественных наук. В 1892 году перешёл в Берлсонский колледж Техасского университета, расположенном в городе Гринвилл. В 1899 году решил продолжить обучение в Техасском университете под руководством профессоров Уильяма Л. Брэя и Уильяма Мортона Уилера, получив степень магистра искусств в 1900 году. С 1900 по 1910 Лонг был профессором ботаники в Колледже Северного Техаса в Дентоне. Основным направлением исследований Лонга были ржавчинные грибы. В 1917 году Уильям Генри Лонг получил степень доктора философии. С 1911 по 1937 он был работником Министерства сельского хозяйства США (USDA) в Альбукерке.
Помимо ржавчинных грибов, Лонг также занимался описанием Ravenelia всей Северной Америки и весёлковых грибов Техаса.
Уильям Генри Лонг скончался в своём доме в Альбукерке 10 декабря 1947 года.
Основной гербарий Лонга был уничтожен во время пожара в 1907 году. Более поздний гербарий хранится в Лаборатории систематической микологии и микробиологии Министерства сельского хозяйства в Белтсвилле (BPI).