Родился 7 сентября 1961 года. В 1983 году окончил факультет международных экономических отношений Киевского государственного университета. По окончании университета работал в системе Министерства внешней торговли СССР в Баку, затем в Южном Йемене, а с 1991 по 1995 год - заместителем руководителя департамента международных экономических отношений МИД Азербайджана.
С 1995 по 2001 год работал в системе Национального банка Азербайджана, а с 2000 года являлся исполнительным директором ГНФАР. В апреле 2006 года был назначен министром финансов Азербайджана.
С 2008 года Самир Шарифов является членом Совета управляющих МВФ от Азербайджана.
Является сопредседателем азербайджано-французской межправительственной экономической комиссии.
Женат, имеет троих детей.
По мнению автора статьи, опубликованной в журнале Forbes, политическому продвижению Самира Шарифова способствует миллиардер Джордж Сорос.