Родился в крестьянской семье. Окончил начальную школу и с 1911 работал на лесозаготовках. В 1917-1919 на сельхозработах по найму.
16 марта 1919 года призван в РККА. Участвовал в боях под Нарвой, в разгроме войск Юденича под Петроградом. После окончания Гражданской войны продолжил армейскую службу на офицерских должностях: в 1922-1940 командир роты, батальона, полка.
Военное образование: полковая школа 11-го запасного стрелкового полка Петроградского ВО (1920), 7-е Петроградские пехотные курсы красных командиров (1921), Киевская объединённая военная школа им. С. С. Каменева (1925), Высшие стрелково-тактические курсы усовершенствования комсостава пехоты «Выстрел» (1938), ВАК при Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова (1947).
С 16 июля 1940 по 10 октября 1942 года командовал 154-й стрелковой дивизией. Генерал-майор (31.07.1941). Во время Великой Отечественной войны на фронте с первых её дней. Его дивизия участвовала в прорыве окружения в районе д. Скепня, в обороне Тулы, 30 декабря 1941 года освободила Калугу.
С декабря 1942 заместитель командующего 5-й танковой армией (Юго-Западноый фронт). С апреля 1943 командир 29-го гвардейского стрелкового корпуса, который в составе 8-й гвардейской армии Юго-Западного фронта принимал участие в Донбасской, Запорожской наступательных операциях.
С 6 сентября 1944 г. возглавлял 29-й стрелковый корпус в составе 48-й армии 2-го и 3-го Белорусских фронтов (Млавско-Эльбингская, Восточно-Померанская наступательные операции).
С марта 1947 по март 1955 Я. С. Фоканов - помощник командующего армией. С марта 1955 по октябрь 1959 помощник командующего войсками Сибирского военного округа.
Награды: орден Ленина, 5 орденов Красного Знамени, ордена Кутузова 1-й степени, Суворова 2-й степени, Кутузова 2-й степени, Отечественной войны 1-й степени, медаль «XX лет РККА», другие медали.
Почетный гражданин Калуги.