Родился 9 сентября (28 августа по старому стилю) 1890 года в семье сельского протоиерея Вологодской епархии. Окончил Тотемское духовное училище (1905) и Вологодскую духовную семинарию (1911), получив награду из рук епископа Вологодского и Тотемского Никона.
По окончании семинарии стал псаломщиком Богородицкой церкви в Вологде и был помощником секретаря епархиальной канцелярии.
6 августа 1912 года рукоположен в священника и служил в селе Суетино, Вологодской епархии. С 1 января 1915 - священник и законоучитель в селе Степурино.
В годы Первой мировой войны был военным священником в Карпатах. Овдовел, оставшись с двумя малолетними детьми; в 1917 вернулся на прежнее место службы. С 1919 года - помощник благочинного.
В 1922 году уклонился в обновленчество. В сане протоиерея был членом президиума Вологодского Епархиального управления; в 1931 году назначен уполномоченным обновленческого Священного синода по Тамбовской епархии.
С 5 декабря 1943 года - настоятель Покровского храма в Тамбове. В то время Покровский храм был единственным действующим в городе, а о. Иоанн стал его первым настоятелем после открытия.
В 1944 году Иоанн отрёкся от обновленчества и вместе с приходом был принят в лоно Русской православной церкви. Вероятно, приносил покаяние. С 1 февраля 1944 - настоятель Покровского храма и секретарь Тамбовского архиепископа Луки (Войно-Ясенецкого). Затем был зачислен, по своей просьбой, в братию Почаевской лавры.
МОСКВА, КРЕМЛЬ СТАЛИНУ
Мои два сына в рядах Красной Армии защищают любимую Родину от немецких захватчиков, а я из своих сбережений вношу в фонд обороны страны 10 000 рублей и молитвенно желаю родной Красной Армии, руководимой Вами, скорой и полной победы над коварным врагом.
Настоятель Покровской церкви г. Тамбов
Благочинный протоиерей Иоанн ЛЕОФЕРОВ
Примите мой привет и благодарность Красной Армии об обороне СССР.
И. СТАЛИН
Газета «Правда», 26 марта 1944 года
16 апреля 1949 года пострижен в монашество с именем Иннокентий в честь преподобного Иннокентия Вологодского, подвизался в Почаевской лавре. В том же году был назначен проповедником и заведующим Лаврской библиотекой. Советская власть опутала Лавру множеством запретов и ограничений, обложила ее огромными налогами. В 1950 скоропостижно скончался наместник Лавры архимандрит Иосиф и Иннокентий был назначен наместником Лавры. Был исполняющим обязанности до 1951 года, затем утвержден в этой должности. Братия во главе с архимандритом Иннокентием вела послевоенное восстановление семи действующих храмов Лавры, продолжала возвращение униатов в Православие.
13 декабря 1953 года в Киеве, в Владимирском соборе, был возведен в епископа Кировоградского и Николаевского . Чин хиротонии совершали: митрополит Киевский и Галицкий Иоанн (Соколов) и епископы Уфимский и Стерлитамакский Иларион (Прохоров), Мукачевский и Ужгородский Иларион (Кочергин), Сумской и Ахтырский Евстратий (Подольский) и Уманский Нестор (Тугай). Находясь на этой кафедре, он успешно противостоял попыткам советских властей закрыть Рождество-Богородицкий кафедральный собор.
28 августа 1958 года назначен на Алма-Атинской и Казахстанскую кафедру с возведением в сан архиепископа.
В августе 1960 года уволен на покой.
С 23 ноября 1960 года - архиепископ Калининский и Кашинский.
До приезда владыки советской властью были закрыты 22 храмы, почти половина из оставшихся, и только стараниями архиепископа Иннокентия 16 храмов были вскоре возвращены епархии. «Я вспоминаю, как был на фронте в 1916 году там, в Карпатах. Теперь мне выпали такие же тяжёлые дни».
Умер 6 сентября 1971. Похоронен на Николо-Малицкой кладбище в городе Тверь.