Николай Блиодухо родился 10 декабря 1878 года в городе Червень (ныне - Минская область Белоруссии). В 1903 году он окончил Петербургский горный институт.
В 1922 году Блиодухо встал во главе горного отдела Совета народного хозяйства Белорусской ССР. С 1923 года он преподавал в Белорусском государственном университете, заведовал кафедрой геологии. В 1926 году был утверждён в должности профессора.
С 1926 года Блиодухо руководил Комиссией по изучению производительных сил Белорусской ССР, а в 1927 году встал во главе Института геологии Инбелкульта (впоследствии - Академии наук Белорусской ССР). В 1928 году он был избран академиком АН БССР.
Блиодухо являлся автором около 20 научных работ в области геологии, в том числе 3 монографий. Под его руководством проводились работы по геологической съёмке и разведке полезных ископаемых в республике. Именно Блиодухо первым составил геологические карты полезных ископаемых, залегающих в недрах Белорусской ССР.
Могила Блиодухо на Военном кладбище Минска.
Умер 13 января 1935 года, похоронен на Военном кладбище Минска.