Польский периодАлексей Николаевич Ботян родился 10 февраля 1917 года в деревне Чертовичи Виленской губернии (ныне Воложинского района Минской области Белоруссии). Вырос в крестьянской семье, проживавшей на территории Западной Белоруссии, в Воложинском районе Минской области, которая в марте 1921 года отошла к Польше.
По окончании школы был призван в польскую армию, в составе которой, командуя расчётом зенитного орудия, в сентябре 1939 года участвовал в боях с немцами. Под Варшавой сбил три самолёта «Юнкерс».
Советский периодКогда в 1939 году восточные районы Польши заняли советские войска, стал гражданином СССР, преподавал в начальной школе.
В 1940 году направлен на службу в органы НКВД СССР, в 1941 году окончил разведывательную школу. В июле 1941 года зачислен в состав Отдельной мотострелковой бригады особого назначения, подчинявшейся 4-у управлению НКВД СССР (начальник управления - П. А. Судоплатов).
В ноябре 1941 года в качестве командира разведывательно-диверсионной группы переброшен за линию фронта. Участвовал в обороне Москвы.
В 1942 году направлен в глубокий тыл врага в западные районы Украины и Белоруссии. Действовал там как самостоятельно, так и в составе крупных партизанских отрядов. Был заместителем по разведке командира партизанского соединения Героя Советского Союза В. А. Карасёва.
Под его непосредственным руководством проведена операция по взрыву немецкого гебитскомиссариата в городе Овруч Житомирской области Украинской ССР, когда там находилась инспекция из Германии. В результате этой операции 9 сентября 1943 года уничтожено 80 гитлеровских офицеров. За эту операцию Алексей Ботян представлен к званию Героя Советского Союза, но тогда награждён не был.
В мае 1944 года по заданию Центра во главе группы из 28 человек совершил переход в Польшу, имея задачу организации разведки расположения и передвижения противника в районе города Кракова. Благодаря хорошему знанию польского языка и культуры местного населения, а также своим организаторским способностям, Алексей Ботян сумел организовать взаимодействие и совместные боевые операции с такими разными политическими силами, как части Армии Крайовой, Армии Людовой и крестьянскими Батальонами Хлопскими. Например, им проведена дерзкая операция по захвату совместно с подразделениями Армии Людовой города Илжа, в ходе которой из тюрьмы были освобождены арестованные польские патриоты, захвачено большое количество оружия и снаряжения. Сейчас в городе Илжа установлен памятник героям того славного боя, на котором вместе с именами поляков выбиты имена и советских бойцов группы А. Н. Ботяна. Группе Алексея Ботяна удалось обосноваться в районе Кракова и развернуть широкую разведывательную и диверсионную деятельность. В конце 1944 года бойцами группы был захвачен инженер-картограф Зигмунд Огарек, этнический поляк, мобилизованный в состав гитлеровской армии и служивший в тыловых подразделениях вермахта. Огарек дал ценные показания о складе взрывчатки в Ягелонском замке, которую предполагалось использовать для уничтожения исторического центра Кракова, Рожновской плотины и мостов через реку Дунаец. Алексею Ботяну удалось внедрить в замок под видом грузчика польского патриота, который установил мину замедленного действия.
В разгар наступления Красной Армии утром 18 января 1945 года мина была приведена в действие. Огромный вражеский склад взлетел на воздух. Враг не смог заминировать и уничтожить намеченные к взрыву объекты в Кракове. А 19 января в Краков вошли передовые части 1-го Украинского фронта под командованием Маршала Советского Союза И. С. Конева.
В последние месяцы войны группа Алексея Ботяна действовала в тылу врага на оккупированной территории Чехословакии.
С 1945 года проходил службу в оперативном составе 1-го Управления (внешняя разведка) Наркомата государственной безопасности СССР (с 1946 года - Министерство государственной безопасности СССР, с 1954 года - Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР). Неоднократно выезжал в заграничные командировки в различные европейские страны для выполнения сложных и ответственных заданий, сведения о которых ещё засекречены. Привлекался для консультирования сотрудников группы специального назначения «Вымпел».
В 1983 году в звании полковника уволен в отставку по возрасту.
До 1989 года продолжал работать в органах КГБ СССР в качестве гражданского специалиста.
Владеет немецким, польским и чешским языками. Жена - Галина Владимировна, урождённая Гелена Гинцель (чешка).
Указом Президента Российской Федерации от 10 мая 2007 года «за мужество и героизм, проявленные в ходе операции по освобождению польского города Кракова и предотвращению уничтожения его немецко-фашистскими захватчиками в период Великой Отечественной войны 1941-1945 годов» полковнику в отставке Ботяну Алексею Николаевичу присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».
Живёт в Москве.