Родился 29 ноября 1868 года в селе Погрешило Середского уезда Костромской губернии (ныне Ивановской области) в бедной семье сельского священника. Жена - Аполинария Андреевна Успенская.
По окончании в 1889 году Костромской Духовной семинарии в течение нескольких лет был он учителем приходской школы в селе Олешь.
После смерти малолетнего ребёнка, а затем жёны поступил в Киевскую духовную академию.
13 августа 1899 года он принял монашеский постриг с наречением имени в честь праведного Никодима. Был возведён в сан иеродиакона и иеромонаха.
В 1900 году окончил Киевскую духовную академию со степенью кандидата богословия.
С 25 февраля 1890 года - священник Петропавловской церкви села Тезино Кинешемского уезда. Его прихожанами были рабочие. Завёл в церкви духовные чтения с поучениями, перед которыми обычно служил акафист. Был музыкально одарённым человеком.
С 1900 года - смотритель Владикавказского духовного училища.
В 1902 году был назначен и. о. инспектора Кутаисской духовной семинарии.
8 января 1903 года иеромонах Никодим был возведен в сан архимандрита и назначен ректором Ардонской семинарии (в Осетии).
С 1905 года - ректор Псковской духовной семинарии.
Епископ11 ноября 1907 году хиротонисан архимандрита Никодима во епископа Аккерманского, викария Кишинёвской епархии. Хиротонию совершили епископ Кишинёвский Владимир (Сеньковский), бывший епископ Аккерманский Аркадий (Филонов), епископы Новомиргородский Сергий (Петров) и Каневский Иннокентий (Ястребов).
С 16 ноября 1911 года - епископ Чигиринский, викарий Киевской епархии, настоятель Михайловского Златоверхого монастыря. Руководил миссионерской деятельностью в епархии, был председателем Свято-Владимирского братства. В мае 1916 года совершил поездку на Юго-Западный фронт с подарками для военнослужащих.
Придерживался правых политических взглядов. В феврале 1917 года вместе с другими правыми киевскими священнослужителями обратился к царю с просьбой распустить Государственную думу. После Февральской революции был выслан в Саратов, но по настоятельному ходатайству светских и церковных деятелей Киева через три месяца был возвращен на прежнее место.
По его инициативе были созданы Совет объединенных приходов и Братство приходских советов, получившие одобрение киевского митрополита Владимира (Богоявленского). Был сторонником единой и неделимой России, в связи с чем вступил в конфликт с деятелями украинского национального движения - сторонниками создания украинской автокефалии. После гибели митрополита Владимира активно содействовал избранию на пост митрополита Киевского и Галицкого владыки Антония (Храповицкого), также решительного противника автокефалистов. В конце жизни на последних допросах так определил свою позицию во время Гражданской войны: «Я стоял за единую неделимую Церковь и Родину, невзирая на то, какая в ней будет власть».
После трагической смерти митрополита Владимира (Богоявленского) в январе-мае 1918 года управлял Киевской кафедрой.
В 1918 году был арестован сторонниками Симона Петлюры и девять месяцев провел в плену: сначала в Галиции, затем в Польше - вместе с митрополитом Антонием (Храповицким) и архиепископом Евлогием (Георгиевским).
Крымский архиерейПосле того как большевики захватили Крым, архиепископ Крымский Димитрий (Абашидзе) находился на кафедре ещё несколько месяцев, постоянно подвергаясь опасности стать жертвой террора. В сентябре 1921 года он ушел на покой. Управляющим Таврической епархией с одновременным возведением в сан архиепископа святитель Никодим стал по указу Патриарха Тихона от 23 августа 1921 года.
В 1922 году был арестован по обвинению в сопротивлении изъятию церковных ценностей, приговорён к восьми годам лишения свободы. Заболел тифом и находился в тюремной больнице, в 1923 году был освобождён по амнистии и переехал в Москву, намереваясь чтобы вернуться в Крым. Вскоре после приезда в Москву святитель Никодим был назначен членом Священного Синода. В это время он неоднократно сослужил Патриарху Тихону в Донском монастыре. Вел активную переписку со своей крымской паствой.
Крымские чекисты, узнав из агентурных источников о намерении владыки Никодима вернуться в свою епархию, предприняли упреждающие действия. 17 ноября 1923 года Симферопольское ОГПУ отправило на Лубянку сообщение: «В недалеком будущем Никодим предполагает приехать в Симферополь, а потому в интересах развития церковно-обновленческого движения в Крыму и ослабления черносотенной деятельности реакционных церковников просим принять меры к устранению возможности возвращения Никодима в Крым».
14 января 1924 года святитель был снова арестован и выслан в Туркестанский край (в Красноводск) сроком на два года. В 1926 году был освобождён из ссылки, но вскоре вновь арестован и вновь отправлен в Туркестан, вначале в Кзыл-Орду, затем в Турткуль. После освобождения из ссылки в 1929 года был лишён права проживать в крупных городах и на Украине. Поселился в Вичуге (в бывшем селе Тезино, где начинал свой путь священника).
Костромской владыкаС 10 июля 1932 года - архиепископ Костромской и Галичский.
Материально поддерживал находившихся в ссылке иерархов и священников. Собирал вокруг себя священнослужителей, прошедших тюрьмы и ссылки и сохранивших верность православию.
Рассказ о том, что «после взрыва кафедрального собора» им спасена чудотворная Феодоровская икона Божией Матери недостоверен - этот образ в 1920-х - 1940-х гг. находился у обновленцев.
Последний арест и мученическая кончинаВ ночь на 4 декабря 1936 года был арестован и приговорён к высылке в Красноярский край сроком на 5 лет. Показания против него дал его секретарь. Однако по состоянию здоровья не был отправлен в ссылку. Оставлен в тюрьме, где ему было предъявлено новое обвинение в проведении контрреволюционной деятельности. Был подвергнут новым ночным допросам, которые окончательно подорвали его здоровье. Скончался 21 августа 1938 года в ярославской тюремной больнице.