Том Фонтана родился в итало-американской семье, он был четвёртым из пяти детей. Его двоюродная сестра - актриса и певица Патти Люпон. Начал писать пьесы в возрасте девяти лет. По одной из пьес Фонтаны был поставлен спектакль в колледже, где он учился. По окончании колледжа в 1973 году переехал в Нью-Йорк.
В начале 1980-х пришёл на телевидение. Первой его работой как сценариста стал сериал «Сент-Элсвер». Работал над сериалами «Тюрьма Оз», «Убойный отдел» и многими другими, за что был неоднократно награждён престижными премиями. Фонтана писал статьи для таких изданий, как The New York Times и Esquire. Его пьесы ставились в театрах Нью-Йорка, Сан-Франциско и Буффало. Он является членом Гильдии драматургов и Гильдии продюсеров Америки.
Фонтана дружит с создателем сериала «Закон и порядок» Диком Вульфом. В честь него назван один из персонажей «Закона и порядка» - детектив Джо Фонтана, которого играет Дэннис Фарина.