Имел, по утверждению Н. А. Рамазанова, дворянское происхождение; его отец занимал место вахтера при кронштадтских магазинах Адмиралтейств-коллегии. Обнаружив ранние художественные способности ребёнка, в сентябре 1782 года, когда Василию Шебуеву было всего пять лет, родители отдали его на учёбу в петербургскую Академию художеств, где он получил блестящую школу академического рисунка и живописи. В Академии Шебуев был в числе первых учеников. Избрав в 1791 году своей специальностью историческую живопись, он стал заниматься ею под руководством И. А. Акимова и Г. И. Угрюмова. В 1794 году Шебуев был награждён уже второй серебряной медалью за рисунок с натуры, а три года спустя - второй золотой медалью за картину «Смерть Ипполита».
После окончания, в 1797 году, обучения с аттестатом первой степени и малой золотой медалью Василий Шебуев со званием художника ХIV-го класса, как один из способнейших по выпуску, был оставлен при Академии пенсионером и помощником преподавателя в натурном классе, а год спустя, сверх того, ему было поручено преподавание рисования на младших возрастах академического училища, в 1803 году для совершенствования своего искусства, отправлен в Рим, где упражнялся копируя подлинники и рисуя в анатомических театрах.
В 1806 г. художник был отозван в Россию для работы по живописному и скульптурному украшению строящегося в Петербурге Казанского собора, ставшего пантеоном славы, памятником русскому воинству и одновременно «храмом славы русских художников». Шебуев исполнил там ряд композиций, в том числе, изображения трех святителей - Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста.
Вся жизнь Шебуева связана с преподавательской деятельностью в Академии Художеств: начинал он в звании академика (1807) по классу исторической живописи, а закончил - ректором живописи и ваяния (с 1832).
За картину огромного размера «Петр Великий в сражении при Полтаве» академия произвела его в адъюнкт-профессоры исторической живописи и вверила ему преподавание в своих классах. В 1812 году он был назначен главным преподавателем рисования в воспитательных заведениях ведомства императрицы Марии и возведен академией в звание профессора. В 1821 году сделан директором Императорской шпалерной мануфактуры, в 1823-м, за исполнение обширного плафона в церкви царскосельского дворца, получил титул придворного живописца. С 1832 года - ректор академии, а впоследствии, с 1842 года - заслуженный ректор живописи и ваяния; в 1836 году он выполнил эскизы купола и иконостаса для Екатерининской церкви в здании Академии Художеств, работал над оформлением Троице-Измайловского собора в Петербурге (в 1837); наконец, в 1844 году он был назначен наблюдателем за исполнением живописных работ для Исаакиевского собора.
Шебуев много работал над подготовкой учебных пособий по анатомии («Антропометрия», 1830-1831) для учеников АХ, создал эскиз росписи купола конференц-зала АХ («Торжество на Олимпе», 1832).
В. К. Шебуев исполнял, в основном, произведения на исторические и религиозные темы, отмеченные мастерством строгого академического рисунка, умелой компоновкой многофигурных сцен, интересом к национальной истории - «Подвиг новгородского купца Иголкина в Северной войне со шведами» (1839, находится в Русском музее), плафон в зале заседаний Совета (в петербургской АХ, 1833), образа «Воскрешение Лазаря», «Воскрешение сына наинской вдовы», «Спаситель в доме Лазаря» и «Христос, благословляющий детей» в Исаакиевском соборе; образа «Святая Екатерина», «Святой князь Александр Невский» и «Тайная Вечеря» в иконостасе домовой церкви Академии Художеств. В некоторых произведениях он был близок к романтическим и реалистическим тенденциям («Гадание. Автопортрет», 1805, Третьяковская галерея) и др.
Реалистическими устремлениями живописца отмечены его поздние портретные работы «Портрет отставного экспедитора И. В. Швыкина» (1833, Русский музей), «Портрет неизвестной в коричневом платье» (1837), «Портрет жены» (середина 1840-х).
Был избран почетным членом Московского Общества художеств.
Сначала в качестве преподавателя, а потом руководителя преподаванием живописи, в академии он имел огромное влияние на развитие многих русских художников, в том числе К. Брюллова , А. А. Иванова , Ф. А. Бруни , П. В. Басина.
Похоронен на Смоленском православном кладбище в Петербурге.
Шебуев В. К. Александр Невский. 1836