Футболом начал заниматься в 7 лет. Занимался в петербургских спортивных школах «Смена» и «Зенит». С 2005 года обучался в московской футбольной школе «Академика». Параллельно выступал за ФК «Трудовые резервы» (Москва). В 2007-2009 годах выступал за дублирующий/молодёжный состав «Зенита» (50 игр), в составе которого стал победителем молодёжного первенства-2009. В сезоне-2010 выступал за молодёжный состав московского «Спартака» (24 игры), вновь выиграв молодёжное первенство.
2 апреля 2011 года дебютировал в Премьер-лиге в гостевом матче 3-го тура против краснодарской «Кубани», заменив заболевшего накануне матча Андрея Диканя; в том матче «Спартак» уступил 1:3.
17 апреля в выездном матче против махачкалинского «Анжи» вышел на замену во втором тайме вместо получившего травму Диканя и впоследствии выбывшим на неопределенный срок. 20 апреля дебютировал в 1/4 Кубка России против ФК «Краснодар». 24 апреля в матче 6 тура Чемпионата России против нальчикского «Спартака» впервые отстоял на ноль, и матч закончился победой со счётом 1:0..
23 июля 2012 года отправился в аренду в «Ростов».
В начале 2014 года Николай Заболотный подписал контракт с «Уралом» на 2,5 года.