В отличие от своего предшественника Анисето Арсе Руиса, Баптиста взял курс на примирение с либералами. С этой целью он объявил амнистию и сделал всё для того, чтобы править прозрачно, обеспечить верховенство права. Впрочем, ему не удалось избежать неприятностей. Его репутация была испорчена, когда бывший президент Иларион Даса, который вернулся в страну, чтобы доказать свою правоту в действиях во время тихоокеанской войны, был убит собственным телохранителем, сразу после перечечения государственной границы. Это убийство не было объяснено и никого не наказали. Большинство боливийцев обвинили в этом преступлении администрацию Баптисты.
Во времена правления Баптисты был подписан ряд важных международных соглашений. Среди них стоит отметить соглашения с Аргентиной по поводу Пуна-де-Атакама, с Парагваем по спорной территории Чако и другие - с Бразилией и Перу. Баптиста также участвовал в подписании первого (предварительного) мирного договора о завершении войны в Тихом океане. Он ушел из политики после завершения срока полномочий и умер в 1907 году.