Родился 17 января 1876 года на Галлиполийском полуострове. В 1900 году окончил Богословскую школу святого Креста в Иерусалиме. С семинарских лет выделялся ораторским искусством и интересом к православной богословской науке.
В 1899 году принял монашество и назначен Патриархом Дамианом секретарём Патриархии. Вскоре иеродиакон Xристофор был назначен членом финансовой комиссии Иерусалимской Патриархии, в каковой должности он выделился, составив бюджет и улучшив отчётность.
В 1904 году Александрийский Патриарх Фотий приблизил его к себе и возвёл в сан иеромонаха. В 1906 году становится протосинкеллом.
3 августа 1908 года в церкви Благовещения в Александрии хиротонисан во епископа Аксумского (Эфиопия) с возведением в сан митрополита, став первым епископом Аксумским после того, как Эфиопская Церковь ушла в монофизитство. Однако поскольку этот акт не получил признания со стороны эфиопских властей, и митрополит Христофор не смог жить в Эфиопии.
30 декабря 1914 года избран митрополитом Леонтопольским (Египет).
21 июня 1939 года он был избран 111-м Патриархом Александрийским и всей Африки.
Перед избранием он давал обещание заполнить все вдовствующие кафедры Александрийской Церкви, улучшить материальное положение священников и многое другое, однако перемены, произошедшие в Египте во время и после второй мировой войны повергли страну в хаос и привели к утеснённому положению греческой диаспоры и Александрийского Патриархата. Значительно возрос отток греческих эмигрантов в другие страны, особенно в Австралию, что привело к сильному сокращению православной паствы в Египте. Некогда процветавшая греческая община Египта, представлявшая собой опору Патриархата на африканском континенте, к концу 1960-х годов двадцатого века насчитывала лишь несколько тысяч человек.
Ответом Патриарха на это стало начало активной миссионерской деятельности среди коренных народов Африки. Ещё в год своего избрания на кафедру он пригласил нескольких уроженцев Уганды в Каир для получения среднего образования, а затем послал их для получения богословского образования.
В 1946 году в юрисдикцию Константинпольского Патриархата были принята «Греческая Африканская Православная Церковь», созданная африканским клириком Рувимом Спартасом, которая на тот момент насчитывала 10291 верующих и 56 центров.
В 1958 году были образованы три новые митрополии: Западноафриканские, Центральноафриканская Восточноафриканская. Ядром нового миссионерского движения стала Уганда, где был создан постоянно действующий миссионерский центр. Были рукоположены иереи из представителей коренных народов, было построено и освящено много храмов.
В последние пятнадцать лет Патриаршества Христофор II из за конфликта с епархиальными архиереями не созывал Синод, что ещё сильнее обострило отношения.
16 ноября 1966 ушёл на покой по состоянию здоровья.
Скончался 23 июля 1967 года.
При Патриархе Христофоре II были восстановлены отношения между Московскими и Александрийскими Патриархатами. 13 января 1942 года Патриарх Христофор II направил Патриаршему Местоблюстителю митрополиту Сергию (Страгородскому) телеграмму с выражением молитвенной поддержки русскому народу, на долю которого выпали тягчайшие испытания Великой Отечественной войны. После избрания митрополита Сергия Патриархом Московского и всея Руси Патриарх Христофор II братским посланием в день Рождества Христова приветствовал Патриарха Сергия и выразил надежду на скорейшую победу союзных армий.
В январе 1945 году присутствовал на поместном соборе Русской православной церкви. Он подписал с другими представителями «обращение к народам мира». С другими Патриархами и предостоятелями Патриарх Христофор принял участие в интронизации Патриарха Алексия I. На торжественном обеде Патриарх Христофор сказал речь, в которой отметил, что Русская Православная Церковь является «прекрасной дочерью Апостольских Церквей Востока» и, как таковая, всегда и всеми силами помогала четырем Патриархиям и родственно заботилась о них и о Святых Местах Востока. Русская Церковь, указал Патриарх, оказывала внимание и помощь во всех временных затруднениях и нуждах Восточных Церквей.
Вернувшись в Египет, Патриарх Христофор известил Патриарха Алексия I о том, что весь греческий православный мир выражает нетерпение встретить у себя Патриарха Московского. В ожидании приезда Патриарх Христофор устроил ряд собраний, на которых он сообщил и убедил своих пасомых в том, что «Православная Церковь в настоящее время в России пользуется в полной мере любовью и уважением руководителей страны». То же самое было заявлено Патриархом в интервью каирской франкоязычной газете «Египетский Голос».
В 1945 году Патриарх Московский Алексий I посетил братские Восточные Церкви, в том числе, 6 по 15-е июня он пробыл в Египте. В Каире он встретился с Патриархом Христофором.
Камнем преткновения в отношениях Московского и Александрийского Патриархатов являлись на тот момент русскоязычные православные приходы в северо-восточной Африке, появившиеся в начале 1920-х годов и бывшие в подчинении заграничных русских иерархов. С конца 1920-х годов Александрийская Православная Церковь безуспешно пыталась переподчинить эти приходы себе.
На Поместном соборе в январе 1945 года было постановлено в присутствии Патриарха Христофора, «поминать имя патриарха Алексия во всех заграничных русский церквях». Тем не менее, не все эмигранты починились этому решению. Русская паства в Северной Африке оставалась расколотой на три юрисдикции: Московского Патриархата, Русской Зарубежной Церкви и Западноевропейского Экзархата Константинопольского Патриархата. В этих условиях Патриарх Христофор II издаёт циркуляр за № 406 от 15 февраля 1946 года призывающий всю марокканскую русскую паству повиноваться лишь ему, патриарху Александрийскому и поминать одного его имя за богослужениями. Данные циркуляр приведён в исполнение не был.
В ноябре 1946 года встретился с делегацией Москвой Патриархии, возглавляемая Митрополитом Ленинградским Григорием (Чуковым). Цель поездки делегации заключалась в «деловых переговорах по текущим обще церковным вопросам и о православных русских общинах». Под давление Русской Церкви, поддерживаемой в этом вопросе советской властью, греческие структуры в Африке, вынуждены были признать право русских на независимую религиозную жизнь в диаспоре. Кроме того в целях материальной поддержки было принято решение, о ежегодном субсидировании братьев православных в Египте со стороны Советского правительства.
В 1950 году Архиерейский Синод РПЦЗ прислал к оставшимся в его подчинении приходам в Северной Африке епископа Пантелеимона (Рудыка) с цель организовать здесь епархию, что вызвало решительный протест со стороны Патриарха Христофора II, воспринявшего такой шаг как посягательство на свою каноническую территорию. Он запретил своему духовенству сослужить с представителями Русской Зарубежной Церкви; запрет был снят лишь после отъезда епископа Пантелеимона из Африки.
В 1955 году Патриарх Московский Алексей разослал приглашения всем Предстоятелям Поместных Православных Церквей прибыть на торжества преподобного Сергия Радонежского, но из всех предстоятелей откликнулся лишь Патриарх Христофор II.
В Советском Союзе Патриарх, как всегда, был торжественно встречен, и Советское Правительство пригласило его в Ялту для прохождения курса лечения под наблюдением русских врачей. Вернувшись из СССР, Патриарх открыто говорил о помощи, оказанной ему Русской Церковью.
Столь однозначная ориентация Патриарха Христофора II на Москву вызывала неудовольствие как Запада, так и Константинополя. Учитывая крайне напряжённые отношения между Патриархом Христофором II и его Синодом, они добились от последнего нужного решения: 11-го июля Синод Александрийской Церкви вынес постановление, разосланное всем предостоятелям православных Церквей 17-го Июля, в котором заявлялось: «поездка Патриарха является частным делом Патриарха и Его Блаженство ни в какой мере не представляет Александрийскую Церковь <…> Эта поездка достойна осуждения и члены Синода находятся в неприятной для них обязанности открыто поездку осудить. <…> все решения и действия Патриарха, совершённые во время его пребывания вне пределов его юрисдикции, неканоничны, заранее осуждаются и будут рассмотрены недействительными и не бывшими».
Иерарх Константинопольского Патриархата Архиепископ Северной и Южной Америки Михаил (Константинидис) в своём письме выражал возмущение по поводу поездки Патриарха Христофора: «… можно ли говорить о прощении и забвении по отношению тех, у которых тысячи жертв на совести и которые даже не просят прощения и не выражают никакого сожаления… Принял ли бы Епископ Александрийский или Антиохийский приглашение Нерона или Диоклетиана прибыть на отдых и врачебное исследование…»
Не смотря на протесты, в мае 1958-го Патриарх Христофор вновь посетил пределы Русской Церкви по случаю празднования 40-летия восстановления Патриаршества в РПЦ. В Москве Патриарх выразил благодарность Патриарху Алексию I за все, что Московская Церковь сделала и делает для Восточных Церквей.
В ноябре 1960 года Московский Патриарх Алексий I вторично прибыл в Египет. На торжественных богослужениях в кафедральном Соборе Святого Саввы присутствовали представители Коптской, Армянской, Католической и Реформатской церквей, а также иудеи. Присутствовали также консулы США, греческий, бельгийский и другие. В речах и в конечном коммюнике говорилось о необходимости для Православной Церкви восстать за мир и противостоять проискам колониалистов.
Впрочем, отношение Патриарха Христофора II к экуменическому движению было отрицательным, как и к многочисленным протестантским проповедникам, которых он резко осуждал за прозелитизм.
