Рубио начал свою профессиональную карьеру с Реал Сарагоса, однако никогда не выходил за рамки игры в команде В. В январе 2000 года он переехал – сначала на правах аренды – в Альбасете, где после медленного старта стал неотъемлемой и очень важной единицей команды.
После 25 отыгранных матчей в сезоне 2002-03 года Альбасете вернулась в Ла Лигу после ее семилетнего отсутствия. Главный дебют Рубио состоялся 26 октября 2003 года в матче с Реал Бетис. До июня 2005 года футболист накопил еще 50 матчей, после чего клуб откатывается назад.
В 2006-07 году Рубио подписал контракт с Реал Вальядолид, который только что продвинулся в высшую лигу прямо во время дебютной кампании футболиста. Испанец редко пропускает игру в следующих сезонах. Чаще всего настроенный на оборону, он забивает свой первый профессиональный гол 28 октября 2007 года в игре с Осасуной.
В связи с травмами Рубио может появиться только в 16 матчах в сезоне 2009-10 года, а Реал Вальядолид вылетает во второй Дивизион впервые за последние три года.