Начал карьеру в клубах «Лейленд Темперанс» и «Чорли». В сентябре 1902 года перешёл в «Манчестер Сити». В своём первом сезоне в клубе Джимми сыграл 21 матч и забил 13 голов, а «Сити» выиграл чемпионский титул Второго дивизиона.
В сезоне 1903/04 «Манчестер Сити» занял в Первом дивизионе 2-е место. Команда также удачно выступила в Кубке Англии, обыграв «Сандерленд» (3:2), «Арсенал» (2:0), «Мидлсбро» (3:1) и «Шеффилд Уэнсдей» (3:0). В финале «Сити» обыграл «Болтон Уондерерс» со счётом 1:0, единственный гол в матче забил Билли Мередит.
В следующем сезоне «Манчестер Сити» вновь сражался за чемпионский титул. В последнем туре «Сити» должен был побеждать «Астон Виллу», чтобы стать чемпионом. Однако «Вилла» одержала победу со счётом 3:1, из-за чего «Сити» финишировал лишь на 3-м месте. После матча капитан «Астон Виллы» Алекс Лик публично заявил, что Билли Мередит предложил ему взятку в размере 10 фунтов стерлингов за намеренный проигрыш в матче. Футбольная ассоциация Англии признала Мередита виновным и дисквалифицировала его сроком на 1 год. «Манчестер Сити» отказался предоставить футболисту финансовую помощь, и он рассказал прессе о незаконных выплатах, которые руководство «Сити» осуществляло в нарушение правил Футбольной ассоциации. Футбольная ассоциация провела расследование, по итогам которого обвинения Мередита подтвердились, что спровоцировало скандал, после чего были оштрафованы и дисквалифицированы игроки и тренеры «Манчестер Сити». Так, 17 футболистов «Сити» получили дисквалификацию до января 1907 года. Среди них был и Джимми Бэннистер.
«Манчестер Сити» был вынужден продать ряд своих игроков на аукционе в отеле «Куинз» в Манчестере. Главный тренер «Манчестер Юнайтед» Эрнест Мангнэлл присутствовал на аукционе и купил Билли Мередита, Джимми Бэннистера, Сэнди Тернбулла и Герберта Берджесса.
Джимми Бэннистер дебютировал за Юнайтед 1 января 1907 года в матче с «Астон Виллой». В сезоне 1906/07 «Манчестер Юнайтед» занял 8-е место в чемпионате. Уже в следующем сезоне «Юнайтед» завоевал свой первый чемпионский титул. В этом сезоне Бэннистер забил 5 голов в чемпионате.
В сезоне 1908/09 Бэннистер проиграл конкуренцию Гарольду Халсу, сыграв лишь в 16 матчах сезона. Он также не был включён в заявку на финальный матч Кубка Англии 1909 года. В октябре 1909 года перешёл в «Престон Норт Энд», проведя за «Юнайтед» в общей сложности 63 матча и забив 8 голов.
За «Престон» Джимми забил 12 голов в 65 матчах. После завершения сезона 1911/12, по итогам которого «Престон» вылетел из Первого дивизиона, Бэннистер был отпущен клубом.