Маркантонио Брагадин родился 21 апреля 1523 года в Венеции.
Последняя королева Кипра - Катерина Корнаро - в 1489 году передала Кипрское королевство Венецианской республике, и с той поры остров управлялся как заморское владение Венеции. Султан Селим II, придя к власти, решил захватить Кипр (существует легенда, что причиной этому была любовь пьяницы-султана к хорошему кипрскому вину).
В 1570 году, когда назревала война между Венецией и Османской империей, Брагадин проверял надёжность укреплений города Фамагуста, чьим правителем он стал вместе с Асторре Бальони. В том же году, в ходе Турецко-венецианской войны остров был захвачен турками.
Венецианцы провели несколько контрнаступлений, но в конце концов вынуждены были засесть в Фамагусте. После падения Никосии, турки обложили Фамагусту. Защитники города сражались отчаяно и даже совершили несколько удачных вылазок против мусульман; при том, что шеститысячному гарнизону противостояло 100000 турок с 1500 пушек, при поддержке артиллерии со 150 судов, осуществлявших морскую блокаду, чтобы не дать возможность получить подкрепление, боеприпасы и продовольствие. В ходе штурмов турки потеряли около 52 тысяч солдат. Однако в июле венецианцы, потеряв всякую надежду на спасительное подкрепление с родины, вынуждены были сдаться.
Несмотря на то, что веницианцы капитулировали под гарантии свободного возвращения домой, мусульмане, уже традиционно, слово своё не сдержали. В течение нескольких дней Брагадин, Бальони и другие защитники города подвергались самым унизительным пыткам. 17 августа 1571 года он принял мученическую смерть, когда с него живого сняли кожу. Его останки были вскоре привезены в Константинополь. Однако в 1580 году они были тайно увезены жителем Вероны Джироламо Полидоро.
18 мая 1596 года они были переданы собору Сан-Заниполо и помещены в свинцовый гроб в нише позади урны. 24 ноября 1961 года гроб был открыт группой учёных, которые обнаружили в нём следы варварского обращения с умершим. Найденные несколько кусков обожжённой человеческой кожи были торжественно перезахоронены ровно через четыре месяца в присутствии местных властей.