Родился в Вене во время французской военной кампании против Австрии. Отцом его был французский армейский провизионер, мать неизвестна. После юношеских скитаний в 1831 году поселился в Париже, попробовал себя в журналистике, в 1839 взялся за изучение медицины. Друг-студент Клод Бернар, с которым Бенедикт делил комнату, а по некоторым сведениям - и одежду, из-за бедности - представил его психиатру Жану-Пьеру Фальре, впоследствии ставшему учителем Мореля.
Морель начал собственные психиатрические изыскания, публикуя статьи, как научные, так и в публицистическом стиле. В 1856 году Морель назначен главным врачом психиатрического госпиталя в Сент-Йоне. Отмечен его прогрессивный и гуманный подход к пациентам. В 1857 он публикует работу Traite des degenerescenses, заложившую, по некоторым оценкам, основы будущего исследования наследственности в психиатрии.
Морель придерживался популярных в его время представлений о наследственности приобретённых признаков - представлений, идущих вразрез с дарвинизмом:181. Он был пессимистичен относительно перспектив пациентов, страдающих психическими расстройствами. Основной причиной психозов, по Морелю, являлась дегенерация: возникновение нервных и психических заболеваний он рассматривал как следствие постепенного ухудшения природы человека, что приводит к постепенному увеличению психозов в населении.
Согласно Морелю, Бог создал совершенный тип человека, однако под влиянием пороков и созданных культурой вредных профессий, инфекций этот совершенный тип стал прогрессивно ухудшаться: в первом поколении «дегенератов» возникает неуравновешенность, нервность, во втором - тяжёлые неврозы, в третьем - психозы, в четвёртом поколении - уродства, умственное недоразвитие; наступает бездетность и смерть рода.
Морель выделял не только нервные и психические, но и телесные признаки дегенерации, что впоследствии сыграло важную роль и в психиатрии, и в криминологии (учение Ломброзо, 1876), оказав влияние на диагностику психических расстройств и прогноз - в результате чего тех или иных пациентов причисляли к числу неизлечимо больных, «врождённых преступников».
Одно из клинических описаний, составленных Морелем, - история подающего надежды мальчика, поражённого в 14 лет психическим заболеванием, приведшим к деградации умственных способностей и уединению. Подобные заболевания Морель стал именовать простым слабоумием, которое вошло в классификацию шизофрении, составленную Крепелином («dementia praecox»), и трансформировалось в понятие простой формы шизофрении (так же, как кататония Кальбаума трансформировалась в кататоническую форму, гебефрения Геккера - в гебефреническую и хронический бредовый психоз Маньяна - в параноидную). Это наименование сохранялось довольно долго, однако к началу XX века стало ясно, что далеко не все случаи такого «слабоумия» ведут к невозвратной деградации. Как оказалось, данное расстройство к тому же не всегда было «ранним». Новое название диагноза было предложено швейцарским психиатром Эйгеном Блейлером в 1908 году и сохраняется до сих пор: «шизофрения».
Морелевское направление получило широкое распространение в немецкой школе психиатрии: Шюле, а вслед за ним Крафт-Эбинг разделили все психические расстройства на болезни здорового мозга (возникающие вследствие инфекций, интоксикаций) и болезни вырождающихся, причём к неизлечимым наследственным «дегенератам» относили подавляющее большинство психически больных. Во Франции последователями Мореля стали Маньян, Легрен и Дежерин; Маньян, впрочем, относил к дегенеративным психозам только психозы эмоциональные и считал, что значительную роль в возникновении психозов играет также и социальная среда.